使用ggplot绘制三大洲多表型年度趋势图为空问题求助

问题背景 #

读取amr_paraB_trends.csv数据，表内包含16列：

• Continents：取值为America、Asia、Europe
• Years：1965-2021年间的年份（如1965、1976等）
• 14种表型列：Streptomycin、Kanamycin等

执行以下代码将数据转换为长格式：

amr$Years <- format(amr$Years, format = "%Y")
library(ggplot2)
library(tidyr)
df_long <- pivot_longer(amr, 
                        cols = c(Streptomycin,  Spectinomycin,  Kanamycin,  Ampicillin, Trimethoprim,   Chloramphenicol,    Ciprofloxacin_IR,   Sulfisoxazole,  Tetracycline,   Nalidixic_acid, Colistin,   Cefoxitin,  Ceftriaxone,    Lincomycin),
                        values_to = "Isolates",
                        names_to = "Phenotypes")

尝试绘制各表型随年份变化的趋势图（按大洲区分线型），但执行下方代码后图表为空：

ggplot(df_long, aes(x = Years, y = Isolates, color = Phenotypes, linetype = Continents)) +
  geom_line(size = 0.7) +
  ggtitle("Trend of amr over years") + 
  xlab("Year") +
  ylab("No of isolates) +
  #x_continuous(breaks = seq(1975, 2022, by = 1)) +
  theme_minimal()

问题排查与修复方案 #

1. 修正Years的数据类型 #

用format()把Years转成了字符型，ggplot绘制折线图时，字符型x轴无法识别为连续的时间序列，自然画不出折线。需要把Years转回数值型：

替换原代码中的amr$Years <- format(amr$Years, format = "%Y")为：

# 如果原Years是日期类型，提取年份并转数值
amr$Years <- as.numeric(format(amr$Years, format = "%Y"))
# 如果原Years本身就是数值（比如直接存的1965、1976数字），直接删掉format那行就行

2. 修复ylab的语法错误 #

ylab("No of isolates)里少了一个闭合双引号，这会触发语法错误，导致图表无法正常渲染。修正为：

ylab("No of isolates")

3. 正确设置x轴刻度（可选） #

注释掉的x_continuous是错误的函数名，正确写法是scale_x_continuous。当Years转为数值型后，可以启用这行并调整刻度间隔（避免刻度太密集）：

scale_x_continuous(breaks = seq(1975, 2021, by = 5))

4. 过滤缺失值（可选） #

如果Isolates列存在大量NA，也会导致折线断裂或不显示。可以用drop_na()过滤掉缺失值：

df_long <- df_long %>% drop_na(Isolates)

最终完整修正代码 #

# 加载所需包
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(dplyr)

# 读取数据（假设已完成）
# amr <- read.csv("amr_paraB_trends.csv")

# 修正Years数据类型
amr$Years <- as.numeric(format(amr$Years, format = "%Y"))

# 转换长格式并过滤缺失值
df_long <- pivot_longer(amr, 
                        cols = c(Streptomycin,  Spectinomycin,  Kanamycin,  Ampicillin, Trimethoprim,   Chloramphenicol,    Ciprofloxacin_IR,   Sulfisoxazole,  Tetracycline,   Nalidixic_acid, Colistin,   Cefoxitin,  Ceftriaxone,    Lincomycin),
                        values_to = "Isolates",
                        names_to = "Phenotypes") %>%
  drop_na(Isolates)

# 绘制趋势图
ggplot(df_long, aes(x = Years, y = Isolates, color = Phenotypes, linetype = Continents)) +
  geom_line(size = 0.7) +
  ggtitle("Trend of AMR over years") + 
  xlab("Year") +
  ylab("No of isolates") +
  scale_x_continuous(breaks = seq(1975, 2021, by = 5)) +
  theme_minimal()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Safina A.R