MultiNEAT Python程序出现未定义符号错误的原因及修复方案

我尝试运行《Hands-on-Neuroevolution-with-Python》书籍中Chapter8的retina_experiment.py程序，用conda搭建了名为rt_multineat的环境，环境配置命令如下：

conda create --name rt_multineat python=3.5 boost=1.67 matplotlib=2.2 numpy=1.11 opencv=3.3
conda activate rt_multineat
conda install -c conda-forge multineat
conda install -c anaconda seaborn
conda install graphviz
conda install python-graphviz

执行程序时触发ImportError，错误信息如下：

python retina_experiment.py -t 1 -g 1000
Traceback (most recent call last):
  File "retina_experiment.py", line 19, in <module> 
    import MultiNEAT as NEAT    
  File "/home/user/anaconda3/envs/rt_multineat/lib/python3.5/site-packages/MultiNEAT/__init__.py", line 3, in <module>  
    from ._MultiNEAT import *    
ImportError: /home/user/anaconda3/envs/rt_multineat/lib/python3.5/site-packages/MultiNEAT/_MultiNEAT.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZN5boost7archive18text_oarchive_implINS0_13text_oarchiveEE4saveERKSs

我也尝试过用python=3.6创建环境，结果一致。请问该未定义符号错误的成因是什么？能否修复？

成因 #

这个错误是MultiNEAT预编译包与你手动指定的Boost版本不兼容导致的：

• 错误中的符号属于Boost.Serialization模块，是MultiNEAT核心依赖组件
• conda-forge提供的MultiNEAT包是用特定版本Boost编译的，你强制指定boost=1.67后，两者版本不匹配，动态链接时找不到对应符号

修复方案 #

方案1：让conda自动匹配兼容依赖（推荐） #

1. 删除现有环境：

conda remove --name rt_multineat --all

2. 重建环境时不手动指定Boost版本，由conda根据MultiNEAT的依赖要求自动安装匹配版本：

conda create --name rt_multineat python=3.5 matplotlib=2.2 numpy=1.11 opencv=3.3
conda activate rt_multineat
conda install -c conda-forge multineat
conda install -c anaconda seaborn
conda install graphviz python-graphviz

方案2：从源码编译MultiNEAT（适合需固定Boost版本的场景） #

1. 确保现有环境已安装编译依赖：

conda activate rt_multineat
conda install cmake git boost=1.67 boost-cpp=1.67 python=3.5 numpy=1.11

2. 克隆源码并编译安装：

git clone https://github.com/peter-ch/MultiNEAT.git
cd MultiNEAT
mkdir build && cd build
cmake .. -DPYTHON_EXECUTABLE=$(which python) -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make install

编译完成后重新运行程序即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Helena