basename命令处理多fastq.gz文件无法正确去除后缀求助

主机目录下有四个fastq.gz文件，文件名如下：

A29_WES_S3_R1_001.fastq.gz  
A29_WES_S3_R2_001.fastq.gz  
A30_WES_S1_R1_001.fastq.gz  
A30_WES_S1_R2_001.fastq.gz  

需要获取去除.fastq.gz后缀的文件名，预期输出：

A29_WES_S3_R1_001  
A29_WES_S3_R2_001  
A30_WES_S1_R1_001  
A30_WES_S1_R2_001  

编写的bash脚本如下：

#!/bin/bash
FILES1=(*R1_001.fastq.gz)
FILES2=(*R2_001.fastq.gz)
read1="${FILES1[@]}"
read2="${FILES2[@]}"
Ffile=$read1
Ffileprevix=$(basename "$Ffile" .fastq.gz)
Mfile=$read2
Mfileprevix=$(basename "$Mfile" .fastq.gz)
echo $Ffileprevix
echo $Mfileprevix
exit;

执行后仅最后一个文件的后缀被正确去除，实际输出：

A29_WES_S3_R1_001.fastq.gz     A30_WES_S1_R1_001
A29_WES_S3_R2_001.fastq.gz     A30_WES_S1_R2_001

尝试添加basename -a参数无效，循环也没成功，需要解决这个问题。

问题根源是把数组元素拼接成单个字符串后传给basename，basename只会处理最后一个匹配后缀的文件名，前面的元素会原样输出。以下是几种可行的解决方式：

方案1：循环遍历数组逐个处理 #

直接遍历每个数组元素，用basename单独处理：

#!/bin/bash
FILES1=(*R1_001.fastq.gz)
FILES2=(*R2_001.fastq.gz)

# 处理所有R1文件
for file in "${FILES1[@]}"; do
    echo "$(basename "$file" .fastq.gz)"
done

# 处理所有R2文件
for file in "${FILES2[@]}"; do
    echo "$(basename "$file" .fastq.gz)"
done

方案2：用bash参数扩展替代basename #

bash原生支持参数扩展去除后缀，无需调用外部命令，效率更高：

#!/bin/bash
FILES1=(*R1_001.fastq.gz)
FILES2=(*R2_001.fastq.gz)

for file in "${FILES1[@]}" "${FILES2[@]}"; do
    echo "${file%.fastq.gz}"
done

${file%.fastq.gz}表示从字符串末尾匹配.fastq.gz并删除，完全满足需求。

方案3：一次性处理所有目标文件 #

如果不需要区分R1和R2，可以直接匹配所有.fastq.gz文件：

#!/bin/bash
for file in *.fastq.gz; do
    echo "${file%.fastq.gz}"
done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alireza