如何用一条命令批量合并成对编号的测序fq.gz文件？

可以用两条串联的shell循环命令一次性完成所有样本的合并操作，命令如下：

for f in *.1.fq.gz; do p="${f%.1.fq.gz}"; cat "$f" "$p.rem.1.fq.gz" > "$p.merged.1.fq.gz"; done && for f in *.2.fq.gz; do p="${f%.2.fq.gz}"; cat "$f" "$p.rem.2.fq.gz" > "$p.merged.2.fq.gz"; done

命令说明： #

• 第一个循环遍历当前目录下所有*.1.fq.gz格式的文件（非rem版本的R1文件）
• 通过${f%.1.fq.gz}提取每个文件的核心前缀（比如从S10_L001_R1_001.1.fq.gz得到S10_L001_R1_001）
• 使用cat直接合并原文件和对应的rem.1.fq.gz文件，输出为[前缀].merged.1.fq.gz（保留原文件，避免误操作丢失数据）
• 第二个循环以完全相同的逻辑处理*.2.fq.gz和对应的rem.2.fq.gz文件

注意事项： #

1. 执行命令前建议先拿1-2个样本做测试，比如手动执行cat S10_L001_R1_001.1.fq.gz S10_L001_R1_001.rem.1.fq.gz > test.merged.1.fq.gz，用zless test.merged.1.fq.gz检查合并后的文件是否正常
2. 如果确实需要直接覆盖原文件（不推荐），可以把输出路径改成$f，但一定要做好原文件备份
3. 该命令利用gzip压缩文件可直接用cat合并的特性，无需解压，处理600组样本效率很高

内容的提问来源于stack exchange，提问作者niko_bio