如何修改交集大小与集合大小的标签？如何以总行数占比显示二者？

一、修改交集大小与集合大小的标签 #

1. 交集大小标签 #

交集大小的标签有两种修改方式：

• 直接修改base_annotations的列表键名，比如把原代码中的'Size'替换为'交集数量'，作为该注释面板的标题。
• 在intersection_size图层后添加ylab()，自定义y轴标签，同时保留或调整原有的主题设置。

2. 集合大小标签 #

集合大小（右侧边缘值）的数值轴为x轴（因位置设为right），修改方式如下：

• 在set_sizes的图层链中添加xlab()，替换原代码中的ylab("")，比如设置为xlab("集合大小")。

二、显示总行数的百分比 #

1. 交集大小显示为百分比 #

要将交集大小转为总行数的百分比，需结合aes_percentage()和刻度格式化：

• 添加geom_text显示百分比文本，用aes_percentage(relative_to='all')自动计算占比。
• 用scale_y_continuous(labels=scales::percent)将y轴刻度转为百分比格式，需提前加载scales包。

2. 集合大小显示为百分比（含边缘值） #

集合大小的边缘值本身就是单个集合的TRUE总数，转为总行数百分比的方法：

• 保留原代码中geom_text(aes(label=!!aes_percentage(relative_to='all')))来显示百分比文本。
• 添加scale_x_continuous(labels=scales::percent)将x轴刻度转为百分比格式。

修改后的完整代码示例 #

{
  library(ggplot2)
  library(ComplexUpset)
  library(scales)  # 用于百分比格式化
}

set_size(8, 3)

upset(
  head(M1_BinaryMatrix, 1000),
  colnames(M1_BinaryMatrix),
  base_annotations = list(
    '交集数量' = intersection_size(mode='inclusive_intersection')
      + geom_bar(stat='count', fill='steelblue')
      + geom_text(aes(label=!!aes_percentage(relative_to='all')), hjust=-0.1, color='black')
      + ylab("占总行数比例")
      + scale_y_continuous(labels=percent)
      + theme(axis.text.y=element_blank())
  ),
  sort_intersections_by='ratio',
  name = "",
  annotations = list(), 
  themes = upset_themes,
  stripes=c(alpha('grey90', 0.45), alpha('white', 0.3)),
  labeller = identity,
  height_ratio = 0.5,
  width_ratio = 0.3,
  sort_sets='ascending',
  wrap = FALSE,
  set_sizes=(
    upset_set_size(position='right')
      + geom_bar(stat='count', fill='darkorange3')
      + geom_text(aes(label=!!aes_percentage(relative_to='all')), hjust=1.1, stat='count', color='white')
      + xlab("集合大小（占总行数比例）")
      + scale_x_continuous(labels=percent)
      + theme(axis.text.x = element_blank())
  ),
  mode = "inclusive_intersection",
  queries = list(),
  guides = NULL,
  encode_sets = TRUE,
  matrix = intersection_matrix(    
    geom=geom_point(
      shape='square',
      size=4
    ),
    segment=geom_segment(
      linetype='solid'
    ), 
    outline_color=list(
      active='darkorange3',
      inactive='grey70'
    )
  ),
  n_intersections='all'
) +
  labs(title = "",
       caption = "")

关键说明 #

• base_annotations的列表名称会作为注释面板的顶部标题，ylab/xlab对应轴标签。
• aes_percentage(relative_to='all')会自动计算当前统计值相对于数据集总行数的百分比。
• scales::percent用于将轴上的小数数值转换为百分比格式，必须提前加载scales包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sean_TBI_Research