如何调整scanpy中sc.pl.heatmap的leiden聚类升序显示顺序

要实现Leiden聚类结果按升序展示，核心是控制聚类分组的顺序，这里有两种简单可行的方法：

方法一：先对数据集按Leiden聚类升序排序 #

默认情况下，Leiden聚类的标签是字符串类型，直接排序会出现'10'排在'2'前面的问题，所以先转成数值型再排序：

1. 转换聚类标签为整数类型：

adata.obs['leiden'] = adata.obs['leiden'].astype(int)

2. 按Leiden聚类标签升序排序数据集：

adata_sorted = adata[adata.obs['leiden'].sort_values().index]

3. 使用排序后的数据集绘制热图：

sc.pl.heatmap(adata_sorted, var_names='你的基因列表', groupby='leiden')

方法二：直接在热图函数中指定聚类顺序 #

不需要修改原数据集，直接在sc.pl.heatmap里通过参数指定分组顺序：

1. 生成升序的聚类标签列表：

sorted_leiden = sorted(adata.obs['leiden'].unique(), key=int)

2. 绘制热图时传入groupby_order参数：

sc.pl.heatmap(adata, var_names='你的基因列表', groupby='leiden', groupby_order=sorted_leiden)

注意：如果你的Leiden聚类标签已经是整数类型，可以省略转换步骤，直接排序即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者supigen