Snakemake中能否设置可空wildcard并通过规则名生成无后缀输出？

你当前的规则写法没法直接调用rule a生成output.png，因为{kw,.*}是正则捕获型wildcard，要求必须匹配到内容（比如output_abc.png里的_abc），没法对应空值的情况。要实现「直接调用规则名时wildcard自动为空，生成output.png」，可以用以下两种方法：

方法一：使用可选Wildcard（推荐，Snakemake 5.1+支持） #

Snakemake支持用{kw?}表示可选wildcard，为空时输出文件名就是output.png。修改后的规则如下：

rule a:
    input: "csv.file"
    output: "output{kw?}.png"
    params:
        kwargs = lambda wc: f'--{wc.kw.strip("_")}' if wc.kw and wc.kw.strip("_") else ""
    shell: "example.py {input} {output} {params.kwargs}"

• 直接运行snakemake a，kw会自动设为空，生成output.png
• 如果要生成带后缀的文件（比如output_foo.png），可以运行snakemake output_foo.png，或者指定wildcard：snakemake a --wildcards kw=_foo

方法二：设置默认Wildcard值 #

如果你的Snakemake版本较低，不支持可选wildcard，可以给规则添加default_wildcards参数，指定kw的默认值为空：

rule a:
    input: "csv.file"
    output: "output{kw}.png"
    default_wildcards:
        kw = ""
    params:
        kwargs = lambda wc: f'--{wc.kw.strip("_")}' if wc.kw.strip("_") else ""
    shell: "example.py {input} {output} {params.kwargs}"

直接运行snakemake a时，会使用默认的空kw，生成output.png；需要带后缀时同样可以指定wildcard值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Xue