如何使用ROBOT从OBO本体获取父类(subClassOf)标识符而非标签
问题描述
我运行以下ROBOT代码从细胞本体(Cell Ontology)提取条目:
robot export --input data/cl.owl \ --header "ID|LABEL|IAO_0000115|hasDbXref|subClassOf" \ --export results/cl.csv
得到的结果示例如下:
CL:0000036,epithelial fate stem cell,,,single fate stem cell
其中single fate stem cell是父类的标签,想知道能否获取对应的CL标识符而非标签?
解决方案
可以通过在--header参数的subClassOf后添加:ID后缀,让ROBOT导出父类的标识符而非标签。修改后的代码如下:
robot export --input data/cl.owl \ --header "ID|LABEL|IAO_0000115|hasDbXref|subClassOf:ID" \ --export results/cl.csv
修改后,示例结果中的父类会变为对应的CL标识符(如CL:xxxxxxx格式)。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Tiago Lubiana
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