MSMBuilder运行报simtk.openmm弃用错误，代码未导入该模块求原因

• 这个警告不是来自你的代码，而是MSMBuilder内部依赖的模块（或MSMBuilder自身底层代码）在调用旧的simtk.openmm导入路径时触发的。
• 上周运行正常是因为当时你的环境中相关依赖库（比如OpenMM、轨迹处理类库）版本较低，未启用该弃用警告；近期可能是依赖库自动更新到新版本，新版本开始强制抛出这个弃用提示。
• 你调用gather_metadata和NumberedRunsParser时，MSMBuilder会加载轨迹解析相关模块，这些模块内部依赖OpenMM处理拓扑或轨迹数据，而其中的代码仍在使用旧的simtk.openmm导入方式，从而触发警告。

可行的处理方案 #

• 临时屏蔽警告：如果只是不想看到提示，可在代码开头添加：

  import warnings
  warnings.filterwarnings("ignore", message="importing 'simtk.openmm' is deprecated")
  

• 等待库更新：这是MSMBuilder本身的代码适配问题，需要官方更新底层代码，将simtk.openmm替换为openmm导入。
• 降级依赖库：若必须消除警告且不愿修改代码，可尝试降级OpenMM到7.7及以下版本（该版本尚未强制弃用simtk路径），但可能影响其他功能的兼容性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者harang