RDKit中MolToXYZFile参数匹配错误求助：SMILES转XYZ文件失败

问题原因 #

错误提示明确显示，MolToXYZFile的C++签名要求必须传入分子对象和输出文件名两个必填参数（第三个参数confId为可选，默认值-1），你当前的代码只传入了分子对象，缺少文件名参数，导致参数不匹配。

修正后的代码 #

import numpy as np
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

mol = Chem.MolFromSmiles('ClCCl')  
mol = Chem.AddHs(mol)
AllChem.EmbedMolecule(mol)
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)
# 补充输出文件名参数，这里以二氯甲烷的xyz文件为例
Chem.MolToXYZFile(mol, "dichloromethane.xyz")

补充说明 #

• 无需更换Boost版本，该问题与Boost版本无关，仅为参数传递错误导致。
• 如果需要指定特定构象输出，可以添加第三个参数confId，例如：

  Chem.MolToXYZFile(mol, "dichloromethane.xyz", confId=0)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ki092