RMarkdown编译PDF报错：Undefined control sequence，求解决方案

问题描述 #

使用RMarkdown撰写博士论文，此前编译完全正常，添加几段文本及一处参考文献后（删除该参考文献仍报错）出现如下LaTeX错误：

! Undefined control sequence. ...9}\selectfont {\global
\setmainfont
{DejaVu Sans}{}} l.3593 ...nt{\global\setmainfont{DejaVu Sans}{}}}}
& \multicolumn{3}{!{\colo...

相关情况：

• 文档采用多子文档结构，已定位到某一子文档引发错误，但报错行指向另一子文档
• 所有子文档单独编译均无问题
• 切换xelatex作为PDF引擎可消除错误，但因部分R包兼容性限制，需继续使用pdflatex
• 当前YAML配置如下：

title: ''
output: 
  pdf_document:
        latex_engine: pdflatex
        number_sections: TRUE
        pandoc_args: ['--lua-filter=section-bibliographies.lua']
always_allow_html: true
geometry: "left = 4cm, right = 2cm, top = 2cm, bottom = 2cm"
fontsize: 11pt
header-includes:
  - \usepackage{float}
  - \usepackage{sectsty}
  - \usepackage{paralist}
  - \usepackage{setspace}\spacing{1.5}
  - \usepackage{fancyhdr}
  - \usepackage{lastpage}
  - \usepackage{dcolumn}
  - \usepackage{natbib}
  - \usepackage[nottoc, numbib]{tocbibind}
  - \usepackage{ragged2e}
  - \usepackage{pdflscape}
  - \usepackage{textgreek}
  - \usepackage{graphicx}
  - \usepackage{titlesec}
classoption: twoside
bibliography: library.bib
reference-section-title: References
section-bibs-level: 2
citation_package: biblatex
csl: journal-of-ecology.csl

解决建议 #

• 排查\setmainfont命令来源
  \setmainfont是fontspec宏包的专属命令，仅支持xelatex/lualatex，pdflatex无法识别该命令。需重点检查引发问题的子文档：

  • 是否存在手动嵌入的LaTeX代码调用了\setmainfont
  • R代码生成的内容（如ggplot2图表、knitr表格）是否强制设置了DejaVu Sans字体，这类设置在pdflatex环境下会触发错误
  • 可临时逐段注释子文档内容，定位到具体触发错误的代码块

• 修复YAML配置冲突

  • 配置中同时启用了natbib和biblatex两个引用包，二者无法兼容。保留citation_package: biblatex的话，删除header-includes中的\usepackage{natbib}
  • csl参数仅适用于pandoc原生引用处理，与biblatex配合会出现冲突。建议注释掉csl: journal-of-ecology.csl，改用biblatex对应的样式，例如在header-includes中添加\usepackage[style=journal-of-ecology]{biblatex}（需确保该样式已安装）

• 适配pdflatex的字体设置
  如果必须使用DejaVu Sans字体，pdflatex下需通过dejavu宏包实现：

  1. 在header-includes中添加\usepackage{dejavu}
  2. 替换所有\setmainfont{DejaVu Sans}调用，若要将无衬线字体设为默认，添加\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}；若仅部分内容使用该字体，用\textsf{需要设置字体的文本}包裹

• 排查子文档合并与LuaFilter问题

  • 单独编译正常但合并后出错，可能是LuaFilter（section-bibliographies.lua）在合并文档时生成了含\setmainfont的代码。可临时注释掉pandoc_args中的该filter，重新编译验证是否解决问题
  • 检查所有子文档的LaTeX环境，确保没有子文档引入了fontspec宏包

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rheum_Glutinosa