R中metaMDS与scores维度不匹配报错（NMDS排序、双图绘制）

问题背景 #

我尝试用R的vegan包绘制NMDS双图，执行了以下步骤：

首先读取数据：

shared_tbl <- read_tsv("data/andok.shared")

数据格式如下：

接着处理数据并执行NMDS：

shared_df <- shared_tbl %>%
  column_to_rownames("Group")

# 构建距离矩阵
andok_dist <- avgdist(shared_df, sample = 1156)

# NMDS排序
set.seed(1996020)
andok_nmds <- metaMDS(andok_dist)
scores(andok_nmds)

调用scores()时出现错误：

Error in x$species[, choices, drop = FALSE] : incorrect number of dimensions

此前按Pat Schloss教程操作无报错，现寻求解决方法。

错误原因与解决方法 #

这个错误的核心原因是：当你给metaMDS()传入**距离矩阵（dist对象）**时，函数默认不会计算物种（分类单元）的排序得分，因此andok_nmds$species是无维度的对象，而scores()函数默认会尝试提取物种得分，从而触发维度错误。

有两种常用解决方式：

方式1：让metaMDS直接处理物种矩阵（推荐） #

放弃提前计算avgdist的步骤，直接将物种丰度矩阵传入metaMDS()，指定距离方法为"bray"（avgdist默认使用Bray-Curtis距离）并设置抽样参数，函数会自动完成抽样、距离计算、NMDS排序的全流程，同时生成物种得分：

set.seed(1996020)
andok_nmds <- metaMDS(shared_df, distance = "bray", sample = 1156)
scores(andok_nmds)  # 可正常提取位点和物种得分，用于绘制双图

方式2：基于距离矩阵生成物种得分 #

若坚持提前计算距离矩阵，可通过两种方式修复：

• 仅提取位点得分：调用scores()时明确指定display = "sites"

scores(andok_nmds, display = "sites")

• 生成物种加权平均得分：调用metaMDS()时添加wascores = TRUE参数，基于位点得分计算物种的加权平均排序坐标

set.seed(1996020)
andok_nmds <- metaMDS(andok_dist, wascores = TRUE)
scores(andok_nmds)  # 可提取位点和物种得分

内容的提问来源于stack exchange，提问作者vicey