h5py存储矩阵时所有元素变为0的问题求助

问题原因 #

你用dset[k][l]这种链式索引赋值时，dset[k]会生成一个临时拷贝数组，修改这个拷贝的元素并不会同步到HDF5文件中的原始数据集。当临时数组被销毁后，所有修改都会丢失，最终文件里保留的还是数据集初始化时的默认值0。

解决方法 #

方法1：使用二维索引直接赋值 #

直接通过逗号分隔的二维索引操作原数据集元素，修改会被持久化到文件：

import h5py

output_file = h5py.File('output_file', 'w')
dset = output_file.create_dataset('dset', (3, 3))

for k in range(3):
    for l in range(3):
        dset[k, l] = 1.  # 改用逗号分隔的二维索引

output_file.close()  # 必须关闭文件确保写入完成

方法2：批量赋值（更高效） #

如果需要给整个数据集赋值，直接用numpy数组或切片操作，比循环更高效：

import h5py
import numpy as np

with h5py.File('output_file', 'w') as output_file:
    dset = output_file.create_dataset('dset', (3, 3))
    # 方式一：用numpy数组批量赋值
    arr = np.ones((3, 3))
    dset[:] = arr
    
    # 方式二：直接用切片赋值
    # dset[:, :] = 1.

读取代码（推荐用上下文管理器） #

使用with语句可以自动管理文件资源，避免忘记关闭文件导致的问题：

import h5py

with h5py.File('output_file', 'r') as file:
    print(file['dset'][:])

执行后输出会是：

[[1. 1. 1.]
 [1. 1. 1.]
 [1. 1. 1.]]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2723984