Docker部署的Shiny应用无法读取每日更新数据的问题求助

我开发了一个Docker化的Shiny应用，从服务器上的/myapp1/app/data文件夹读取数据，该文件夹内的数据每日都会更新。当应用在域名上运行时，能读取到文件夹中的初始数据，但数据更新后，应用无法读取新数据，仍仅读取旧数据；只有停止并重新启动容器后，应用才能读取到新数据。

# get shiny server and R from the rocker project
FROM rocker/shiny:4.0.5

RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    libxml2 \
    libxml2-dev \
    libsodium-dev

# install R packages required 
RUN R -e "install.packages(c('shiny', 'shinythemes', 'dygraphs', 'shinyWidgets', 'manipulateWidget', 'DT', 'zoo', 'shinyjs','emayili', 'wordcloud2', 'rmarkdown', 'xts', 'shinyauthr', 'curl', 'jsonlite', 'httr', 'lubridate'), repos='http://cran.rstudio.com/')"


# copy the app directory into the image
WORKDIR /myapp1/app
COPY app .

# run app
EXPOSE 8090
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/myapp1/app',  host = '0.0.0.0', port = 8090)"]

version: "3.7"

services:

 app1:
  image: myapp1image
  container_name: myapp1container
  expose:
   - "8090"
  environment:
   - VIRTUAL_PORT=8090
   - VIRTUAL_HOST=myapp1.net,www.myapp1.net
   - LETSENCRYPT_HOST=myapp1.net,www.myapp1.net
   - LETSENCRYPT_EMAIL=info@myapp1.net  
  volumes:
   - /myapp1/app/data:/myapp1/app/data
  networks:
   - mynetwork

networks:
 mynetwork:
  external : true

问题核心是Shiny应用启动时一次性加载了数据，之后没有主动重新读取更新后的文件。以下是两种可行的解决方法：

方法1：添加自动定时刷新逻辑 #

在Shiny的server函数中，使用reactivePoll定期检查数据文件的修改时间，自动触发数据重新读取：

server <- function(input, output, session) {
  # 定义数据读取函数，替换为你实际的读取逻辑
  load_latest_data <- function() {
    read.csv("/myapp1/app/data/your_data_file.csv")
  }

  # 每1小时检查一次文件修改时间，自动刷新数据（可调整间隔，单位：毫秒）
  latest_data <- reactivePoll(
    intervalMillis = 3600000,
    session = session,
    checkFunc = function() {
      # 获取文件最后修改时间，作为是否刷新的判断依据
      file.info("/myapp1/app/data/your_data_file.csv")$mtime
    },
    valueFunc = load_latest_data
  )

  # 后续所有依赖数据的输出都使用latest_data()获取最新内容
  output$data_table <- renderDT({
    datatable(latest_data())
  })
}

方法2：添加手动刷新按钮 #

如果不需要自动刷新，可给用户提供手动触发数据更新的按钮：

ui <- fluidPage(
  actionButton("refresh_btn", "刷新最新数据"),
  DTOutput("data_table")
)

server <- function(input, output, session) {
  # 用reactiveVal存储数据
  current_data <- reactiveVal()

  # 初始加载数据
  observe({
    current_data(read.csv("/myapp1/app/data/your_data_file.csv"))
  })

  # 点击按钮时重新读取数据
  observeEvent(input$refresh_btn, {
    current_data(read.csv("/myapp1/app/data/your_data_file.csv"))
  })

  output$data_table <- renderDT({
    datatable(current_data())
  })
}

额外注意事项 #

• 确保容器内的Shiny进程（默认用户为shiny）有权限读取挂载的/myapp1/app/data目录，可在服务器执行chown -R shiny:shiny /myapp1/app/data调整权限。
• 若数据文件体积较大，需合理设置自动刷新间隔，避免频繁读取影响应用性能。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Citizen