如何在geom_split_violin中移除零值，同时保留ggpaired统计的零值？

问题背景 #

使用ggpaired和introdataviz::geom_split_violin绘制配对观测箱线图时，遇到以下问题：

• 数据含大量零值，需让箱线图和stat_compare_means的配对检验纳入零值计算
• geom_split_violin生成的小提琴图无法显示零值分布，将零值替换为NA会导致统计检验丢失原始数据

解决思路 #

核心问题是geom_split_violin默认的密度平滑参数会掩盖零值的集中分布，无需修改原始零值，只需调整小提琴图的密度计算参数，同时保留原始数据用于统计分析和箱线图绘制。

修改后的代码示例 #

library(introdataviz)
library(ggpubr)
set.seed(42)

first <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,15,2)))
second <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,10,1)))
df <- data.frame(first, second)

ggpaired(df, cond1 = "first", cond2 = "second", line.color = "gray") +
  stat_compare_means(paired = TRUE) +
  introdataviz::geom_split_violin(trim = FALSE, alpha = .4, adjust = 0.5) +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 22), expand = c(0, 0))

关键修改说明 #

• trim=FALSE：关闭小提琴图的尾部截断，确保零值对应的密度峰能够完整显示
• adjust=0.5：降低密度平滑程度，让零值的集中分布更突出（可根据数据调整数值，越小越贴近原始分布）
• scale_y_continuous(limits = c(0,22))：替代ylim()，仅调整显示范围而非过滤数据，保证零值被纳入所有计算

进阶优化（可选） #

如果零值的密度峰仍不够明显，可进一步缩小adjust值，或添加填充色区分组别：

ggpaired(df, cond1 = "first", cond2 = "second", line.color = "gray") +
  stat_compare_means(paired = TRUE) +
  introdataviz::geom_split_violin(trim = FALSE, alpha = .4, adjust = 0.3, 
                                  aes(fill = group)) +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 22), expand = c(0, 0)) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set1")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michl