能否通过名称调用含params生成通配符的Snakemake单规则？

直接运行snakemake a是不行的，因为这条规则里包含未确定的通配符domain，Snakemake没办法自动推断出这个通配符应该取什么值，自然没法生成对应的输出文件。

为什么不行？ #

Snakemake是输出驱动的工作流工具，核心逻辑是根据你要生成的具体输出文件倒推需要运行的规则。规则里的通配符是用来匹配一类输出文件的，当你只指定规则名时，Snakemake不知道你要生成2/{domain}.txt里的哪个具体文件，也就无法确定wc.domain的值，连带着params.domain_cat这个lambda函数也没法执行。

正确的运行方式 #

有两种方法可以单独运行这条规则：

• 直接指定具体的输出文件：比如你想生成2/abc.txt，就执行：

  snakemake 2/abc.txt
  

  Snakemake会从输出路径里解析出domain=abc，自动填充通配符，执行规则生成目标文件。
• 用--wildcards参数指定通配符值：直接给规则名加上通配符的具体取值，命令如下：

  snakemake a --wildcards domain=abc
  

  这种方式明确告诉Snakemake通配符domain的取值，它就能确定要生成的输出文件，进而运行规则。

额外说明 #

如果你的规则有多个输出（比如例子里的两个directory输出），只要指定其中一个带通配符的具体输出，或者用--wildcards补全所有必要的通配符，就能触发整个规则的运行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Xue