如何修复ggplot2转plotly交互PCA图时的label美学警告？

问题背景 #

使用ggplot2绘制PCA得分图并转换为plotly交互式图时，期望鼠标悬停显示样本名称，但运行代码后出现以下警告：

In ggplot2::geom_point(data = df_pcs, mapping = aes(x = PC1, y = PC2, :
Ignoring unknown aesthetics: label

尝试改用text美学后，交互式图中仍无法显示样本名称。

原代码如下：

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(plotly)
#(1) example data
dat <-  iris[1:4]
Group <- iris$Species

#(2) perform PCA
df_pca <- prcomp(dat, center = TRUE, scale. = TRUE)
df_pcs <- data.frame(df_pca$x, Group = Group)


#(3) plot
hull_group <- df_pcs %>%
  dplyr::mutate(Sample_Name = rownames(df_pcs)) %>%
  dplyr::group_by(Group) %>%
  dplyr::slice(chull(PC1, PC2))

p2 <- ggplot2::ggplot() +
  ggplot2::geom_polygon(data = hull_group, 
                        mapping = aes(x = PC1, y = PC2, fill = Group, group = Group), 
                        alpha = 0.2) +
  ggplot2::geom_point(data = df_pcs, 
                      mapping = aes(x = PC1, y = PC2, color = Group, label = rownames(df_pcs)), 
                      size = 3) +
  ggplot2::theme_bw()

plotly::ggplotly(p2, tooltip = "label") 

解决方案 #

问题原因 #

• ggplot2的geom_point不支持label美学映射，因此会抛出"忽略未知美学"的警告。
• plotly通过text美学识别悬停提示文本，但需要正确绑定样本名并在ggplotly中指定对应tooltip字段。

修改后的代码 #

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(plotly)

#(1) 示例数据
dat <-  iris[1:4]
Group <- iris$Species

#(2) 执行PCA
df_pca <- prcomp(dat, center = TRUE, scale. = TRUE)
# 提前将行名转为样本名列，避免在aes中直接调用rownames
df_pcs <- data.frame(df_pca$x, Group = Group, Sample_Name = rownames(df_pca$x))

#(3) 绘图
hull_group <- df_pcs %>%
  group_by(Group) %>%
  slice(chull(PC1, PC2))

p2 <- ggplot() +
  geom_polygon(data = hull_group, 
               aes(x = PC1, y = PC2, fill = Group, group = Group), 
               alpha = 0.2) +
  # 将label替换为text美学，绑定Sample_Name
  geom_point(data = df_pcs, 
             aes(x = PC1, y = PC2, color = Group, text = Sample_Name), 
             size = 3) +
  theme_bw()

# ggplotly中指定tooltip为"text"，即可显示样本名称
ggplotly(p2, tooltip = "text")

关键改动说明 #

1. 提前将样本名（行名）转换为df_pcs的Sample_Name列，让数据结构更清晰，避免在美学映射中直接使用rownames()。
2. 将geom_point中的label = rownames(df_pcs)替换为text = Sample_Name，text是plotly识别的悬停文本美学字段。
3. ggplotly的tooltip参数指定为"text"，确保悬停时显示绑定的样本名称。如果需要同时显示其他信息（如分组、PC值），可以改为tooltip = c("text", "Group", "PC1", "PC2")。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Wang