R语言：如何将contingency table转换为指定格式的物种特征数据框？

下面是满足你需求的两种实现方案，优先提供你要求的for循环方法，再补充dplyr的简洁实现：

输入数据 #

首先定义你提供的输入数据框：

df <- data.frame(
  Sp = c("Alphaproteobacteria", "Firmicutes", "Gamaproteobacteria","actino"),
  Starch = c("+","-","-","1.5mm"),
  Gelation = c("-","+","9mm","-")
)

方法一：For循环实现 #

先复制原数据避免修改原始数据，再处理Sp列的首字母大写（对应期望输出的最后一行），最后通过嵌套循环逐列逐行判断替换：

# 复制数据框
df_new <- df

# 修正Sp列的小写"actino"为"Actino"
df_new$Sp <- ifelse(df_new$Sp == "actino", "Actino", df_new$Sp)

# 指定需要处理的特征列
feature_cols <- c("Starch", "Gelation")

# 外层循环遍历特征列
for (col in feature_cols) {
  # 内层循环遍历每一行
  for (i in 1:nrow(df_new)) {
    # 判断当前值是否为"-"，是则设为空字符串，否则替换为对应物种名
    if (df_new[i, col] != "-") {
      df_new[i, col] <- df_new[i, "Sp"]
    } else {
      df_new[i, col] <- ""
    }
  }
}

# 查看最终结果
print(df_new)

方法二：dplyr工具包实现 #

使用dplyr的mutate()和across()函数可以更高效地完成批量处理，无需手动写嵌套循环：

# 安装并加载dplyr（首次使用需安装）
# install.packages("dplyr")
library(dplyr)

df_new <- df %>%
  # 修正Sp列的物种名格式
  mutate(Sp = case_when(Sp == "actino" ~ "Actino", TRUE ~ Sp)) %>%
  # 批量处理特征列：非"-"值替换为物种名，否则设为空
  mutate(across(c(Starch, Gelation), ~ ifelse(.x != "-", Sp, "")))

# 查看最终结果
print(df_new)

期望输出验证 #

两种方法均可得到你指定的结果：

df_New <- data.frame(
  Sp = c("Alphaproteobacteria", "Firmicutes", "Gamaproteobacteria","Actino"),
  Starch = c("Alphaproteobacteria","","","Actino"),
  Gelation = c("","Firmicutes","Gamaproteobacteria","")
)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Umar