如何在对数轴的ggplot中添加y坐标小于1的p值

针对你遇到的问题，这里提供两种可行的解决方案，无需使用伪对数转换：

方案1：使用coord_trans()替代scale_y_continuous(trans="log10") #

coord_trans()是在绘制阶段对坐标进行对数转换，而非修改原始数据，因此stat_pvalue_manual的y.position可以直接使用原始数据尺度的数值：

library(ggplot2)
library(ggpubr)

df <- data.frame("group" = rep(c("A", "B", "C", "D", "E"), each = 5), 
                 "value" = exp(seq(-10,-9, length.out = 25)))

stat_df <- ggpubr::compare_means(formula = value ~ group, data = df, method = "wilcox.test")[1:3,]

p <- ggplot(data = df, aes(x = group, y = value)) +
    geom_boxplot() +
    ggpubr::stat_pvalue_manual(data = stat_df, y.position = 1e-4, step.increase = 0) +
    coord_trans(y = "log10")

plot(p)

方案2：保留scale_y_continuous(trans="log10")，直接使用转换后的坐标值 #

如果坚持使用scale的对数转换，可将y.position设置为目标位置的log10值，并用I()包裹以避免函数重复转换：

p <- ggplot(data = df, aes(x = group, y = value)) +
    geom_boxplot() +
    ggpubr::stat_pvalue_manual(data = stat_df, y.position = I(-4), step.increase = 0) +
    scale_y_continuous(trans = "log10")

plot(p)

问题原因说明 #

• 使用scale_y_continuous(trans="log10")时，ggplot会对所有y轴相关数据（包括stat_pvalue_manual的y.position）先执行log10转换。若直接输入小于1的原始数值（如1e-4），ggpubr内部的逻辑可能错误处理转换后的值，导致p值位置偏移；输入负数则会因log10转换产生NaN，触发警告并丢失p值。
• coord_trans()仅修改坐标显示尺度，不触碰原始数据，因此y.position可以直接匹配你期望的原始数值位置，避免转换逻辑冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者tlbello