如何在Matplotlib中将标记绘制于误差棒上方？

问题原因 #

Matplotlib中errorbar的默认显示层级（zorder）高于scatter，即便后调用scatter，标记也会被误差棒线条覆盖，导致视觉效果不佳。

解决办法 #

方法一：直接在errorbar中配置标记（推荐）

无需单独调用scatter，直接在errorbar函数内设置标记样式、尺寸和颜色，标记会自动处于误差棒上层，代码更简洁：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x=[1,2,3]
y=[1,2,3]
yerr=[2,3,1]
fig,(ax1)=plt.subplots(1,1)
ax1.errorbar(x, y, yerr=yerr, linestyle='-', capsize=3, 
             ecolor='lightblue', elinewidth=2,
             marker='o', markersize=5, mfc='#1f77b4', mec='#1f77b4')
plt.show()

注：markersize对应标记的直径，和scatter的s（面积）转换关系为：markersize = 2 * np.sqrt(s / np.pi)，示例中markersize=5和原代码s=20的视觉尺寸接近。

方法二：给scatter设置更高的zorder

如果需要保留scatter的调用方式，只需给scatter添加zorder参数并设置为大于2的值（errorbar默认zorder为2），即可让标记显示在误差棒上层：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x=[1,2,3]
y=[1,2,3]
yerr=[2,3,1]
fig,(ax1)=plt.subplots(1,1)
ax1.errorbar(x,y,yerr=yerr, linestyle='-', capsize=3, ecolor='lightblue', elinewidth=2)
ax1.scatter(x, y, s=[20]*len(x), marker='o', color='#1f77b4', zorder=3)
plt.show()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者f. c.