如何仅移除ggpaired图小提琴部分的零值？ggplot_build使用异常

想要仅移除ggpaired图中小提琴部分的零值，尝试用ggplot_build处理后没达到预期，还弄丢了原本的统计检验标注。

原代码 #

library(introdataviz)
library(ggpubr)
library(grid)

#set seed
set.seed(42)

#build dunny data
first <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,15,2)))
second <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,10,1)))
df <- data.frame(first, second)


# build plot
p1 <- ggpaired(df,cond1 = "first", cond2 = "second",line.color = "gray")+
   stat_compare_means(paired = TRUE)+
  introdataviz::geom_split_violin( trim = TRUE,alpha = .4) + ylim(0,22)
#create ggplot_build object
p1_build <- ggplot_build(p1)

#remove zeros from violin plot part
p1_build$data[[4]] <- subset(p1_build$data[[4]], first != 0 & second != 0)
p1_build$data[[5]] <- subset(p1_build$data[[5]], first != 0 & second != 0)

#produce new graph
p2 <- ggplot_gtable(p1_build)
grid.draw(p2)

错误原因分析 #

1. 筛选条件无效：ggplot_build生成的数据是长格式，每个小提琴图层只对应一组数据（要么是first，要么是second），不存在同时包含first和second的列，用first !=0 & second !=0筛选完全起不到删零值的作用。
2. 图层操作风险：如果误修改了统计检验对应的图层数据，就会导致检验标注直接消失。

修正方案 #

步骤1：确认小提琴图层的索引 #

先运行以下代码查看每个图层的类型，定位geom_split_violin对应的图层索引：

sapply(p1_build$plot$layers, function(x) class(x$geom)[1])

geom_split_violin通常会生成两个图层（左右各一个），对应索引比如4和5。

步骤2：正确筛选零值 #

针对小提琴图层的y列（对应数值）筛选掉y=0的行，不要触碰统计检验的图层：

library(introdataviz)
library(ggpubr)
library(grid)

set.seed(42)

# 构建模拟数据
first <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,15,2)))
second <- sample(c(rep(0,100), rnorm(50,10,1)))
df <- data.frame(first, second)

# 绘制初始图
p1 <- ggpaired(df, cond1 = "first", cond2 = "second", line.color = "gray") +
  stat_compare_means(paired = TRUE) +
  introdataviz::geom_split_violin(trim = TRUE, alpha = .4) + 
  ylim(0,22)

# 生成ggplot_build对象
p1_build <- ggplot_build(p1)

# 筛选小提琴图层中的零值（假设第4、5个是小提琴图层）
p1_build$data[[4]] <- subset(p1_build$data[[4]], y != 0)
p1_build$data[[5]] <- subset(p1_build$data[[5]], y != 0)

# 生成并绘制修正后的图
p2 <- ggplot_gtable(p1_build)
grid.draw(p2)

这样就能只移除小提琴部分的零值，同时保留统计检验标注。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michl