关于R中predict是否仍对Cox模型分类变量线性预测器中心化的确认
Cox模型predict函数线性预测器中心化行为变更疑问
此前调用predict()函数获取Cox模型的线性预测器时,默认会对连续变量和分类变量均进行中心化处理。但近期测试发现,当前版本中仅连续变量会被中心化,分类变量不再执行中心化操作。
以下为测试代码示例:
URL <- "http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/data/Rossi.txt" Rossi <- read.table(URL, header=TRUE) library(survival) # 针对二分类变量测试 fitCPH <- coxph(Surv(week, arrest) ~ fin, data=Rossi) # 构建Cox比例风险模型 (coefCPH <- coef(fitCPH)) # 输出估计系数 head(predict(fitCPH,type="lp")) head((as.numeric(as.factor((Rossi$fin))) - 1) - mean(as.numeric(as.factor(Rossi$fin)) - 1) * coef(fitCPH)) # 中心化计算逻辑 head((as.numeric(as.factor((Rossi$fin))) - 1) * coef(fitCPH)) # 非中心化计算逻辑
恳请相关人士确认该情况是否属实,并说明此变更的原因。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Flora Grappelli
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