Python调用hddm绘图报错及kabuki安装超时问题求助

一、HDDM绘图报错：ValueError: Number of rows must be a positive integer, not 5.0 #

问题背景 #

使用Anaconda3下的Python 3.7、HDDM 0.9.7版本，按照官方教程运行代码时，执行m.plot_posterior_predictive(figsize=(14, 10))抛出上述错误，无法生成目标示例图。

原因与解决方案 #

该错误源于依赖库Kabuki的版本bug：绘图时计算的子图行数为浮点数，而matplotlib要求传入整数。解决方法如下：

1. 安装修复后的Kabuki版本：确保安装Kabuki的最新开发版（下文会解决安装超时问题），新版本已修复该类型转换问题。
2. 手动修改Kabuki代码（临时方案）：
   • 找到本地Kabuki安装目录下的plotting.py文件（路径类似Lib\site-packages\kabuki\plotting.py）
   • 定位到计算子图行数的代码段，将行数变量强制转换为整数，例如将rows = np.ceil(n_subjects / cols)修改为rows = int(np.ceil(n_subjects / cols))

二、Kabuki安装Git克隆超时问题 #

问题背景 #

运行pip install git+https://github.com/hddm-devs/kabuki时，出现Git克隆超时错误：fatal: unable to access 'https://github.com/hddm-devs/kabuki/': Failed to connect to github.com port 443 after 21097 ms: Timed out

解决方案 #

• 方案1：使用GitHub镜像加速克隆
  替换GitHub地址为国内镜像，执行命令：

  pip install git+https://github.com.cnpmjs.org/hddm-devs/kabuki
  

• 方案2：手动下载源码本地安装
  1. 前往hddm-devs的Kabuki仓库下载源码压缩包
  2. 解压压缩包到本地目录
  3. 打开终端进入解压后的目录，执行：

     pip install .
     

• 方案3：延长pip超时时间
  通过增加超时参数提升克隆成功率：

  pip --default-timeout=100 install git+https://github.com/hddm-devs/kabuki
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user257122