BWA mem执行报错：无法定位索引文件，寻求解决办法

问题根源 #

你执行bwa index时针对的是压缩的参考基因组文件Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa.gz，但运行bwa mem时指定的是未压缩的Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa。BWA会根据你传入的参考文件名，去寻找前缀完全匹配的索引文件（比如.amb、.ann、.bwt等），两者文件名不匹配，自然找不到对应的索引。

解决方法 #

有两种可行的修正方式：

• 方式一：匹配已有的索引文件
  修改bwa mem命令，使用你已经建过索引的压缩参考文件：

  bwa mem -t 8 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa.gz ERR3841737/ERR3841737_trimmed.fq.gz > ERR3841737/ERR3841737_mapped.sam
  

• 方式二：为未压缩文件重新建索引
  如果你想继续使用未压缩的.fa文件作为参考，需要重新为它生成索引：

  bwa index Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa
  

额外注意事项 #

• 确保索引文件（.amb、.ann、.bwt、.pac、.sa）和对应的参考文件在同一目录下
• 执行命令时，要么保证参考文件在当前工作目录，要么使用绝对路径指定参考文件位置，避免路径错误导致的索引查找失败

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mirue Kang