如何在R中提取种间遗传距离并保留矩阵结构？

要保留原矩阵结构提取种间距离，不需要用na.omit把元素转成向量，直接对矩阵进行赋值操作即可——把同种个体的位置（含对角线）和上三角区域设为NA，只保留下三角的种间距离数值，同时维持原矩阵的维度和结构。

方案一：基于你已有的代码修改 #

# install.packages("ape")
library(ape)

data(woodmouse)
dists <- dist.dna(woodmouse, model = "raw", as.matrix = TRUE)

# 将上三角（不含对角线）设为NA，保留下三角
dists[upper.tri(dists, diag = FALSE)] <- NA

labs <- labels(woodmouse)
# 生成标记"是否为同种"的逻辑矩阵
res <- outer(labs, labs, "==")

# 创建结果矩阵，将同种位置设为NA，保留种间距离的矩阵结构
interspecific_dists <- dists
interspecific_dists[res] <- NA

方案二：一步到位简化代码 #

可以合并上三角处理和同种标记的逻辑，直接生成目标矩阵：

# install.packages("ape")
library(ape)

data(woodmouse)
dists <- dist.dna(woodmouse, model = "raw", as.matrix = TRUE)
labs <- labels(woodmouse)

# 同时标记"上三角区域"和"同种个体"的位置，统一设为NA
res <- outer(labs, labs, "==")
interspecific_dists <- dists
interspecific_dists[upper.tri(dists, diag = FALSE) | res] <- NA

结果说明 #

最终的interspecific_dists和原dists维度完全一致：

• 下三角区域仅保留不同种个体间的遗传距离数值
• 上三角区域、同种个体对应位置（含对角线）均为NA

内容的提问来源于stack exchange，提问作者compbiostats