R语言中去除无向图边列表的双向重复行

我是R语言新手，正在用igraph做网络分析。我的Excel数据集规模较大，先执行以下代码拆分列、转矩阵生成边列表，去NA后构建无向图：

test<-separate(ID_test, 'Contacts 1', paste("Contacts", 1:20, sep="_"), sep=",", extra="drop")
m <- as.matrix(test)
el <- cbind(m[, 1], c(m[, -1]))
el2<-na.omit(el)
testel<- graph_from_edgelist(el2, directed=FALSE)
plot(testel)

但边列表里存在V1和V2值互换的重复行（比如第一行和最后一行），导致图中出现重复边。试了几种方法都没解决：

el4<-el3[!duplicated(el[c("V1", "V2")]),] # 识别不了双向重复行
el4<-el3[!duplicated(paste(pmin(V1, V2), pmax(V1, V2)))] # 报错：Error in pmin(V1, V2) : object 'V1' not found
el4<-el3[!duplicated(paste(pmin("V1", "V2")), pmax("V1", "V2"))] # 结果无法用于构建网络
g <- graph_from_edgelist(unique(rbind(el2[, 1:2])), directed = FALSE) # 没变化
plot(g)

解决方法 #

方法一：标准化边的顺序后去重

把每条边的两个节点按排序生成唯一标识，再基于标识去重：

# 转换为数据框方便操作
el_df <- as.data.frame(el2, stringsAsFactors = FALSE)
# 对每行节点排序，生成标准化边标识
el_df$standard_edge <- apply(el_df, 1, function(x) paste(sort(x), collapse = "-"))
# 保留唯一边
el_unique <- el_df[!duplicated(el_df$standard_edge), c(1,2)]
# 转回矩阵构建无向图
g <- graph_from_edgelist(as.matrix(el_unique), directed = FALSE)
plot(g)

方法二：利用igraph自带的去重功能

直接在构建图后，用simplify()一键去除重复边和自环（如果存在）：

# 构建原始图
testel<- graph_from_edgelist(el2, directed=FALSE)
# 去除重复边与自环
g_simplified <- simplify(testel, remove.multiple = TRUE, remove.loops = TRUE)
plot(g_simplified)

方法三：用tidyverse工具链处理

如果习惯用dplyr，可以按节点大小排序后去重：

library(dplyr)

el_unique <- as.data.frame(el2) %>%
  rowwise() %>%
  mutate(
    node1 = min(V1, V2),
    node2 = max(V1, V2)
  ) %>%
  ungroup() %>%
  distinct(node1, node2, .keep_all = FALSE) %>%
  select(node1, node2)

g <- graph_from_edgelist(as.matrix(el_unique), directed = FALSE)
plot(g)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MemeBeauftragter