如何让Bash脚本自动识别文件名中的receptor分组并批量执行任务

直接替换你原来的set_receptor函数和后续代码，改成以下逻辑即可实现自动识别所有唯一的receptor分组，一次性完成所有任务：

# 从符合命名格式的文件中提取所有唯一的receptor分组
receptors=($(for file in "${docking_pdb}"/*_*_*_rep*.${lig_ext}; do
    # 提取文件名（去掉路径和后缀），按下划线分割取第3段（对应receptor）
    basename "$file" .${lig_ext} | cut -d'_' -f3
done | sort -u))

# 检查是否找到有效分组
if [ ${#receptors[@]} -eq 0 ]; then
    echo "错误：在${docking_pdb}目录下未找到符合*_*_*_rep*.${lig_ext}格式的文件"
    exit 1
fi

# 循环处理每个receptor分组
for receptor in "${receptors[@]}"; do
    echo "=== 正在处理Receptor分组: $receptor ==="
    for pdb in "${docking_pdb}"/*_${receptor}_*.${lig_ext}; do
        pdb_name=$(basename "$pdb" .${lig_ext})
        pdb_name="${pdb_name/_rep1}"
        echo "Converting ${output}: the system ${pdb_name}"
        # 在这里添加你实际的文件处理命令（比如转换、执行程序等）
    done
done

逻辑说明 #

1. 提取唯一Receptor：遍历目标目录下所有符合命名规则的文件，用basename剥离路径和后缀，再用cut按下划线分割文件名，提取第3段（对应你的${receptor}字段），最后用sort -u去重得到所有唯一分组。
2. 边界检查：如果没有找到任何符合格式的文件，脚本会报错并退出，避免无意义的空循环。
3. 批量处理：外层循环遍历每个receptor分组，内层循环执行你原来的文件处理逻辑，无需手动切换分组。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者James Starlight