GitHub Actions中用Papermill构建Notebook时依赖与本地包不可用求助

核心原因 #

问题本质是Papermill未正确使用Poetry创建的虚拟环境：要么是全局安装的Papermill调用了系统Python，要么是虚拟环境上下文未传递给Notebook内核，导致依赖和本地包无法被找到。

解决方案1：将Papermill纳入Poetry项目依赖（推荐） #

1. 把Papermill添加为开发依赖：

   poetry add --dev papermill
   

2. 重新安装所有依赖，确保Papermill在虚拟环境内：

   poetry install -E all
   

3. 用poetry run执行Papermill：

   poetry run papermill SomeNotebook.ipynb output_folder/file.txt
   

   此方式下Papermill会直接使用Poetry虚拟环境的Python解释器，自动识别所有已安装的依赖和本地包。

解决方案2：为Poetry虚拟环境注册Jupyter内核 #

若不想将Papermill加入项目依赖，可通过注册内核让Papermill指定使用虚拟环境：

1. 激活虚拟环境：

   source $(poetry env info --path)/bin/activate
   

2. 安装ipykernel到虚拟环境：

   pip install ipykernel
   

3. 将虚拟环境注册为Jupyter内核：

   python -m ipykernel install --user --name=poetry-env --display-name="Poetry Virtual Env"
   

4. 运行Papermill时指定该内核：

   papermill --kernel poetry-env SomeNotebook.ipynb output_folder/file.txt
   

   或配合poetry run确保上下文正确：

   poetry run papermill --kernel poetry-env SomeNotebook.ipynb output_folder/file.txt
   

解决方案3：绕过poetry shell直接执行命令 #

poetry shell报Inappropriate ioctl for device多因非交互式终端环境导致，可直接调用虚拟环境的Python执行Papermill：

$(poetry env info --path)/bin/python -m papermill SomeNotebook.ipynb output_folder/file.txt

该命令直接使用虚拟环境的Python运行Papermill模块，完全绕开shell激活问题。

验证依赖可用性 #

执行完上述方案后，先验证虚拟环境的依赖是否正常加载：

poetry run python -c "import pandas; from mypackage.plots import *; print('Dependencies loaded successfully')"

若命令执行成功，说明依赖配置无误，再运行Papermill即可正常工作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Layik