使用FactoMineR与factoextra做PCA分析时ggarrange函数报错

问题原因 #

ggarrange()函数不属于factoextra或FactoMineR包，它是ggpubr包中的工具，未加载对应包就会提示"函数未找到"。另外原代码还有两个细节问题：

1. plot(res.pca, choix = "var")生成的是R基础绘图，不是ggplot对象，无法用ggarrange()组合
2. 代码里的tittle是拼写错误，正确写法是title

解决步骤 #

1. 安装并加载ggpubr包
2. 替换载荷图生成代码为ggplot格式的函数
3. 修正拼写错误

修正后的完整代码 #

library(factoextra)
library(FactoMineR)
library(ggpubr)  # 加载ggpubr包，提供ggarrange函数

# 执行PCA分析
res.pca = PCA(clin.oc[,1:14], graph = TRUE)

# 生成各ggplot格式的图
scree = fviz_screeplot(res.pca, ncp=5, addlabels=TRUE, size=0.5, title='Scree plot')
loadings = fviz_pca_var(res.pca, title='Loadings')  # 用fviz_pca_var生成ggplot格式的载荷图

n = fviz_contrib(res.pca, choice = "var", axes = 1, top = 5, title='Variable contributions')
scores = fviz_pca_ind(res.pca, label="none", habillage=as.factor(clin), title='scores')  # 修正tittle为title

# 组合所有图
ggarrange(scree, loadings, n, scores)

关键说明 #

• fviz_pca_var()是factoextra包中生成ggplot格式变量载荷图的函数，替代基础绘图的plot()后，才能和其他fviz系列的ggplot图一起用ggarrange()组合
• 若未安装ggpubr包，先运行install.packages("ggpubr")完成安装

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Abdullah Jamal