为何我的ggplot图例无法填充颜色？技术问题求助

问题原因 #

你的代码中同时使用了geom_boxplot（映射colour=species）和geom_jitter（映射fill=species+shape=type），ggplot会自动合并同一变量（species）的图例。但geom_boxplot的图例默认是无填充的线条/框样式，合并后会覆盖geom_jitter的带填充形状的图例样式，导致看不到填充颜色。

解决方案 #

方法1：隐藏geom_boxplot的图例

直接在geom_boxplot中添加show.legend=FALSE参数，让species的图例仅由geom_jitter生成，这样就能正常显示填充颜色：

ggplot(all,aes(x=substrate, y=Ca))+
  geom_boxplot(data=weed,aes(colour=species), show.legend=FALSE)+
  scale_colour_manual(values="green3",name=NULL,labels="substrate mineral content")+
  geom_jitter(position = position_jitter(width = 0.22),
              alpha=0.75, size=3.5,
              aes(fill=species,shape=type))+
  scale_fill_manual(values=c("red","blue","purple","darkorange","darkgrey","orange2","grey2","darkgreen","black"))+
  scale_shape_manual(values=c(24,21,22))+
  labs(y="Ca mg/kg")

方法2：手动统一图例样式（若需保留boxplot图例）

如果需要同时展示boxplot的图例和jitter的填充样式，可以通过guides()手动设置species图例的key形状，让它使用带填充的形状：

ggplot(all,aes(x=substrate, y=Ca))+
  geom_boxplot(data=weed,aes(colour=species))+
  scale_colour_manual(values="green3",name=NULL,labels="substrate mineral content")+
  geom_jitter(position = position_jitter(width = 0.22),
              alpha=0.75, size=3.5,
              aes(fill=species,shape=type))+
  scale_fill_manual(values=c("red","blue","purple","darkorange","darkgrey","orange2","grey2","darkgreen","black"))+
  scale_shape_manual(values=c(24,21,22))+
  labs(y="Ca mg/kg")+
  guides(fill=guide_legend(override.aes=list(shape=21)))

补充说明 #

当你移除geom_boxplot并将fill=species改为colour=species时，图例仅由geom_jitter的colour映射生成，没有其他图例干扰，所以颜色显示正常——本质是避免了不同图层同变量映射的图例冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Finbar