编译R包时遇Eigen/Core #include <new>文件不存在错误求助

设备信息 #

• Thinkpad系列笔记本
• Manjaro KDE系统（内核5.13）
• 全新安装的R 4.2
• 全新安装的RStudio
• 已按指定指南安装多个包（含rstan）

问题描述 #

在RStudio中安装R 4.2的多个包时（如安装brms依赖的mvtnorm、nleqslv），均出现相同编译错误：编译器无法识别RcppEigen目录下Eigen/Core头文件第82行的#include <new>语句，导致包安装失败。

已尝试操作 #

• 重新安装RcppEigen，问题未解决
• 搜索include new相关问题，仅找到Arduino等特殊设备的类似案例

询问是否需要更换编译器，寻求解决方案。

编译日志 #

* installing *source* package ‘mvtnorm’ ...
** package ‘mvtnorm’ 解压完成并通过MD5校验
** 使用分段安装
** libs
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG   -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/Rcpp/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/unsupported"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/BH/include" -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/src/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppParallel/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/rstan/include" -DEIGEN_NO_DEBUG  -DBOOST_DISABLE_ASSERTS  -DBOOST_PENDING_INTEGER_LOG2_HPP  -DSTAN_THREADS  -DBOOST_NO_AUTO_PTR  -include '/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp'  -D_REENTRANT -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1   -I/usr/local/include   -fpic  -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -fexceptions         -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wformat -Werror=format-security         -fstack-clash-protection -fcf-protection -flto=auto -ffat-lto-objects  -c C_FORTRAN_interface.c -o C_FORTRAN_interface.o
从/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1包含的文件中，
                 从/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp:13，
                 从命令行：
/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/Eigen/Core:82:12: 致命错误：new：没有该文件或目录
   82 |   #include <new>
      |            ^~~~~
编译终止。
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:169 : C_FORTRAN_interface.o] 错误 1
ERROR: 编译包‘mvtnorm’失败
* 正在移除‘/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/mvtnorm’
Warning in install.packages :
  包‘mvtnorm’的安装退出状态非零

解决办法 #

1. 安装完整C++开发环境 #

<new>是C标准库头文件，编译器找不到它大概率是缺少完整的C开发依赖。在Manjaro终端执行：

sudo pacman -S base-devel gcc-libs libstdc++

2. 强制R使用g++编译 #

部分情况下R的编译配置会误用C编译器处理C++代码，导致头文件缺失。在R中执行：

Sys.setenv(CXX = "g++")
Sys.setenv(CC = "gcc")
install.packages("mvtnorm")

3. 重置RcppEigen及依赖包 #

如果之前的安装有残留问题，完全卸载后重新安装：

remove.packages(c("RcppEigen", "mvtnorm", "brms"))
install.packages("RcppEigen", type = "source")
install.packages("brms")

4. 更新系统与编译器 #

你的内核版本5.13较旧，Manjaro作为滚动更新系统，建议更新整个系统确保依赖最新：

sudo pacman -Syu

更新完成后重启系统，再尝试安装R包。

5. 检查编译器版本冲突 #

若系统存在多版本gcc/g++，可能导致路径混乱。检查当前默认版本：

gcc --version
g++ --version

若版本不一致，可通过软链接设置默认版本（以gcc12为例）：

sudo ln -sf /usr/bin/gcc-12 /usr/bin/gcc
sudo ln -sf /usr/bin/g++-12 /usr/bin/g++

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user21048379