M1芯片Mac上stars包st_extract设bilinear=TRUE致R崩溃求解决方案

在搭载M1芯片的Mac设备上，调用stars包的st_extract函数并设置bilinear = TRUE进行双线性提取时，会导致R直接崩溃；但将该参数设为FALSE时，函数能正常运行。想了解是否有其他用户遇到过相同问题，以及可行的解决办法。

环境信息 #

> library(stars)
Loading required package: abind
Loading required package: sf
Linking to GEOS 3.10.2, GDAL 3.4.2, PROJ 8.2.1; sf_use_s2() is TRUE
> sessionInfo()
R version 4.2.2 (2022-10-31)
Platform: aarch64-apple-darwin20 (64-bit)
Running under: macOS Monterey 12.6

Matrix products: default
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2-arm64/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] stars_0.5-6 sf_1.0-8    abind_1.4-5

崩溃重现代码 #

library(stars)

rast <- st_as_stars(volcano)
pts  <- st_point(c(50, 50)) %>% st_sfc() 

# 执行此代码会导致R崩溃
st_extract(rast, pts, bilinear = TRUE)

可行的解决办法 #

• 升级相关包：将stars、sf、abind等依赖包更新到最新版本，架构相关的bug常被后续版本修复。执行以下命令更新：

  update.packages(c("stars", "sf", "abind"))
  

• 更新底层依赖库：GDAL、GEOS、PROJ的版本兼容性可能引发问题，通过Homebrew更新这些库后重新安装stars和sf：

  brew install gdal geos proj
  install.packages(c("sf", "stars"), type = "source")
  

• 使用替代包实现双线性提取：如果必须使用双线性插值，可以用terra包的extract函数替代，之后按需转换回stars对象：

  library(terra)
  library(stars)
  
  # 转换为terra格式
  rast_terra <- rast(rast)
  pts_terra <- vect(pts)
  # 双线性提取
  result <- extract(rast_terra, pts_terra, method = "bilinear")
  # 转换回stars对象（可选）
  result_stars <- st_as_stars(result)
  

• 提交bug报告：若以上方法无效，可在stars包的代码仓库提交issue，附上环境信息、重现代码，帮助开发者定位修复问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SimeonL