如何在指定Shell脚本中添加修改heatmap宽度的自定义选项？

核心修改位置 #

要实现热图宽度自定义，需在两个关键位置修改脚本：

1. 新增用户交互配置（脚本开头） #

在读取输出目录的逻辑之后，添加热图宽度的输入环节，同时设置默认值（避免用户每次都手动输入）。

2. 调整plotHeatmap命令（脚本末尾） #

在调用plotHeatmap的提示语句和实际执行命令中，加入--heatmapWidth参数，绑定用户输入的宽度变量。

修改后的完整脚本示例 #

echo
echo "Please enter the directory you would like the heatmap in: "
read directory

# 新增：添加热图宽度配置输入，默认值设为20
echo "Please enter the heatmap width (default: 20): "
read heatmap_width
heatmap_width=${heatmap_width:-20}

echo ${#mutants[@]}

matrix_string=
heatmap_string=

if [[ ${num_controls} -gt ${num_mutants} ]]
then
        for i in "${!controls[@]}"
        do
            matrix_string="${matrix_string} ${controls[$i]}"
            heatmap_string="${heatmap_string} ${modification}_ctrl"
            if [[ i -lt ${#mutants[@]} ]]
            then
                    matrix_string="${matrix_string} ${mutants[$i]}"
                    heatmap_string="${heatmap_string} ${modification}_mut"
            fi
    done
else
    for i in "${!mutants[@]}"
    do
            if [[ i -lt ${#controls[@]} ]]
            then
                    matrix_string="${matrix_string} ${controls[$i]}"
                    heatmap_string="${heatmap_string} ${modification}_ctrl"
            fi
            matrix_string="${matrix_string} ${mutants[$i]}"
            heatmap_string="${heatmap_string} ${modification}_mut"
    done
fi

echo "creating matrix: computeMatrix reference-point --referencePoint center -R ${bedFile} -S${matrix_string} -a 1500 -b 1500 -o ${directory}matrix_${modification}.gz --missingDataAsZero"

computeMatrix reference-point --referencePoint center -R ${bedFile} -S ${matrix_string} -a 2000 -b 2000 -o ${directory}matrix_${modification}.gz --missingDataAsZero

# 修改：在提示语句中加入宽度参数
echo "plotting heatmap: plotHeatmap -m ${directory}matrix_${modification}.gz --samplesLabel ${heatmap_string} --heatmapHeight 16 --heatmapWidth ${heatmap_width} -out ${directory}${modification}.png"

# 修改：在实际执行命令中加入宽度参数
plotHeatmap -m ${directory}matrix_${modification}.gz --heatmapHeight 16 --samplesLabel ${heatmap_string} --heatmapWidth ${heatmap_width} -out ${directory}${modification}.png

关键细节说明 #

• --heatmapWidth是plotHeatmap工具的官方参数，单位为英寸，可根据需求调整默认值。
• heatmap_width=${heatmap_width:-20}的作用是：若用户未输入宽度值，自动使用20作为默认宽度，提升脚本易用性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Leya Ledvin