移除制表符分隔文件中的单独点号但保留小数

你有如下制表符分隔的数据：

#chr    pos     ref     alt     af_alt  filter  an
22      10510033        T       C       .       AC0;AS_VQSR     0
22      10510061        A       T       0       AC0     2
(non-dot lines snipped)
22      10510286        G       A       0       AC0;AS_VQSR     1598
22      10510286        G       T       0.00125156      AS_VQSR 1598

需求是移除每一列里单独的点号（比如af_alt列的.），但保留小数中的点（比如最后一行的0.00125156）。

你之前尝试的命令：

awk 'BEGIN {OFS=FS="    "} {gsub(/^\.$/,"",$1)}1'

这个命令没生效的原因有两个：

• 只针对第1列（$1）做处理，而需要清理的点号在其他列（比如示例里的第5列）
• 用四个空格作为分隔符，但实际数据是制表符分隔，空格数可能不一致导致列识别错误

正确的解决命令 #

用下面的AWK命令可以实现需求：

awk 'BEGIN {FS=OFS="\t"} {for(i=1;i<=NF;i++) if($i == ".") $i=""}1'

命令说明：

1. BEGIN {FS=OFS="\t"}：指定输入和输出的分隔符都是制表符，保证列处理精准
2. for(i=1;i<=NF;i++)：遍历每一行的所有列
3. if($i == ".") $i=""：判断当前列是否是单独的点号，是的话就置为空字符串
4. 1：AWK里的简写，代表打印处理后的整行

处理后的效果示例 #

#chr    pos     ref     alt     af_alt  filter  an
22      10510033        T       C               AC0;AS_VQSR     0
22      10510061        A       T       0       AC0     2
(non-dot lines snipped)
22      10510286        G       A       0       AC0;AS_VQSR     1598
22      10510286        G       T       0.00125156      AS_VQSR 1598

可以看到单独的点号已经被移除，小数里的点完全保留。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者curious