求助：Python中提取Shapefile对应多边形的栅格像素值

你的代码核心问题在于geometry_mask的参数设置错误，导致提取了多边形外部的像素，而非内部目标区域。以下是修复后的代码：

import geopandas as gpd
import rasterio
from rasterio.features import geometry_mask

polygons = gpd.read_file("poly_path.shp")
burn_attribute = "id"  # 确保多边形id唯一且不为0

with rasterio.open("raster_path.tif") as src:
    raster = src.read(1)
    transform = src.transform  # 提前获取transform，避免重复调用

pixel_values = []

for geom in polygons.geometry:
    # 生成多边形内部区域为True的掩膜
    mask = geometry_mask(
        [geom],
        out_shape=raster.shape,
        transform=transform,
        all_touched=True,
        invert=True  # 关键修改：反转掩膜，让多边形内部为True
    )
    # 提取掩膜覆盖的像素值
    polygon_values = raster[mask]
    pixel_values.append(polygon_values)

# 将提取的像素数组添加到GeoDataFrame
polygons['pixel_values'] = pixel_values

关键修改说明 #

• 将invert=False改为invert=True：geometry_mask默认生成的掩膜中，多边形外部为True，内部为False，反转后才能正确选中多边形内部的像素。
• 删除了无效的extracted_values = raster[polygons]行：GeoDataFrame无法直接作为NumPy数组的索引，这行代码无意义且会报错。
• 优化了循环逻辑：直接遍历polygons.geometry，避免通过索引取值的冗余写法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Naama