如何为R语言dataframe行名添加'gene_id'标题并实现数据关联

要实现把res的行名转为带gene_id标题的列，方便后续和anno做left_join，有两种常用方法：

方法1：使用tidyverse的rownames_to_column（推荐，适配后续join操作） #

如果你已经在使用tidyverse工具（比如dplyr的left_join），这个方法最简洁：

library(tidyverse)
# 把行名转为名为gene_id的列
res <- res %>% rownames_to_column(var = "gene_id")

转换后res的结构就会变成你想要的样子：

>res
gene_id baseMean log2FoldChange     lfcSE      stat      pvalue        padj
       <numeric>      <numeric> <numeric> <numeric>   <numeric>   <numeric>
27395    1268.40       0.100013  0.164840  0.606731 5.44029e-01 0.737925231
18777    1413.56      -0.266365  0.175847 -1.514758 1.29834e-01 0.312449929
21399    3376.09      -0.243707  0.132616 -1.837687 6.61086e-02 0.196027163

方法2：基础R实现（无需额外加载包） #

如果不想加载tidyverse，用基础R代码也能实现：

# 先添加gene_id列，值为原行名
res$gene_id <- rownames(res)
# 清除原行名
rownames(res) <- NULL
# 调整列顺序，把gene_id移到第一列
res <- res[, c("gene_id", setdiff(colnames(res), "gene_id"))]

后续关联操作 #

转换完成后，就可以正常执行你的left_join操作了：

res_anno <- left_join(res, anno, by = "gene_id")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者claraina