CentOS/Ubuntu系统中Singularity安装失败求助

Ubuntu 系统解决方案 #

你执行的命令依赖旧版软件源，目前需要添加 Sylabs 官方维护的软件源才能找到安装包，步骤如下：

• 安装基础依赖工具：

  sudo apt-get update && sudo apt-get install -y wget gnupg2
  

• 导入 Sylabs 的 GPG 密钥：

  wget -O- https://keyserver.ubuntu.com/pks/lookup?op=get&search=0x5673DFE249A1F134 | sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/sylabs-archive-keyring.gpg
  

• 添加 Sylabs 软件源（自动适配当前 Ubuntu 版本）：

  echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/sylabs-archive-keyring.gpg] https://repo.sylabs.io/public/singularity/deb/ubuntu $(lsb_release -cs) main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/sylabs.list
  

• 更新源并安装 Singularity：

  sudo apt-get update && sudo apt-get install -y singularity-container
  

CentOS 7 系统解决方案 #

CentOS 7 的 EPEL 源未包含 Singularity 包，需要添加 Sylabs 官方 YUM 源，步骤如下：

• 安装基础依赖工具：

  sudo yum install -y wget
  

• 导入 Sylabs 的 GPG 密钥：

  wget -O- https://keyserver.ubuntu.com/pks/lookup?op=get&search=0x5673DFE249A1F134 | sudo rpm --import -
  

• 创建 Sylabs YUM 源配置文件：

  sudo tee /etc/yum.repos.d/sylabs.repo <<EOF
  [sylabs]
  name=Sylabs Singularity Repository
  baseurl=https://repo.sylabs.io/public/singularity/rpm/el/7/x86_64/
  enabled=1
  gpgcheck=1
  gpgkey=https://keyserver.ubuntu.com/pks/lookup?op=get&search=0x5673DFE249A1F134
  EOF
  

• 安装 Singularity：

  sudo yum install -y singularity
  

备选方案：源码编译安装 #

如果上述源安装仍有问题，可以选择从源码编译（以最新稳定版为例）：

• 安装编译依赖：
  Ubuntu：sudo apt-get install -y build-essential libseccomp-dev pkg-config squashfs-tools cryptsetup
  CentOS 7：sudo yum groupinstall -y "Development Tools" && sudo yum install -y libseccomp-devel squashfs-tools cryptsetup
• 下载并编译 Singularity：

  export VERSION=3.11.4 # 可替换为最新稳定版
  wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz
  tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz
  cd singularity-ce-${VERSION}
  ./mconfig
  make -C builddir
  sudo make -C builddir install
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jack