在Jupyter Notebook中用conda安装cd-hit后出现command not found问题

核心原因 #

conda安装的工具默认存放在当前激活环境的bin目录下，若Jupyter Notebook的运行内核未关联该conda环境，或是%%bash魔法命令未激活对应环境，系统就找不到cd-hit的执行路径。

具体解决方法 #

1. 先确认cd-hit的安装路径 #

在Notebook中执行以下命令，找到cd-hit所在的环境和具体路径：

!conda list cd-hit

输出结果会显示类似/path/to/your/env/bin/cd-hit的路径，记下这个bin目录的完整地址。

2. 激活对应conda环境再运行 #

如果使用%%bash魔法命令，先激活安装cd-hit的环境再执行命令：

%%bash
source activate your_env_name
cd-hit -h

把your_env_name替换成你安装cd-hit的环境名，比如base环境就写source activate base。

3. 配置Jupyter关联conda环境内核 #

• 打开终端，先激活安装cd-hit的环境：

conda activate your_env_name

• 给该环境安装ipykernel：

conda install ipykernel

• 将环境注册为Jupyter的可用内核：

python -m ipykernel install --user --name your_env_name --display-name "Python (your_env_name)"

• 重启Jupyter Notebook，切换到新添加的内核，直接运行!cd-hit -h即可正常执行。

4. 直接用完整路径执行命令 #

如果暂时不想切换内核，也可以直接指定cd-hit的完整路径运行：

!/path/to/your/env/bin/cd-hit -h

路径替换成第一步查到的实际地址即可。

额外建议 #

尽量避免直接在base环境安装生物信息工具，建议创建专用conda环境来管理这类工具，减少环境冲突：

conda create -n bio_env python=3.8
conda activate bio_env
conda install -c bioconda cd-hit

之后按方法3把这个环境注册为Jupyter内核，后续用该内核运行工具就不会再出现路径问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者1288Meow