如何用awk/sed交换固定4行FASTA文件中的指定行

问题描述 #

我有一个固定4行的FASTA格式文件，原内容如下：

>ID.1
GGAACACGACATCCTGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAAAAGTACTGGA
>ID.2
GGAATACCACATCCCGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAACAGTACTGGA

需要实现第1行与第3行互换、第2行与第4行互换，最终得到如下结果：

>ID.2
GGAATACCACATCCCGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAACAGTACTGGA
>ID.1
GGAACACGACATCCTGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAAAAGTACTGGA

解决方案 #

1. 使用awk #

通过缓存每行内容，最后按目标顺序输出：

awk 'NR==1{l1=$0} NR==2{l2=$0} NR==3{l3=$0} NR==4{l4=$0} END{print l3; print l4; print l1; print l2}' input.fasta

简单说明：用变量分别存储第1到4行的内容，处理完所有行后，按3→4→1→2的顺序打印。

2. 使用sed #

写法一（直观易懂，适合固定4行场景）

sed '3p;4p;1p;2p;1,4d' input.fasta

简单说明：先按3、4、1、2的顺序打印对应行，再删除原文件的1-4行，最终输出就是互换后的内容。

写法二（利用sed的缓存空间机制）

sed '1{h;d}; 2{H;d}; 3p; 4G' input.fasta

简单说明：

• 第1行：存入缓存空间并跳过打印
• 第2行：追加到缓存空间并跳过打印
• 第3行：直接打印
• 第4行：将缓存空间的内容（原1、2行）追加到当前行后打印，最终输出3→4→1→2的顺序

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SaltedPork