Jupyter Notebook中导入函数无法找到文件路径的问题求助

你遇到的FileNotFoundError本质是相对路径的基准目录不一致：

• 在Notebook中直接读取文件时，相对路径以Notebook的当前工作目录（project文件夹）为基准，你写的路径（应为pipeline/library/data.csv）能正确定位到文件。
• 但myfunction定义在pipeline/functions.py中，从Notebook调用该函数时，函数内部的library/data.csv仍以Notebook的工作目录（project）为基准，实际会查找project/library/data.csv——这个路径不存在，真正的目标路径是project/pipeline/library/data.csv。

最健壮的做法是基于functions.py自身的位置构建文件路径，确保无论从哪个目录调用函数，都能正确找到data.csv。修改myfunction代码如下：

import os
import sys
import pandas as pd

def myfunction(df):
    # 获取当前functions.py文件所在的绝对目录
    script_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
    # 安全拼接data.csv的绝对路径
    libpath = os.path.join(script_dir, 'library', 'data.csv')
    
    try:
        lib_df = pd.read_csv(libpath)
    except OSError:
        print(f'library not found for given filepath: {libpath}')
        sys.exit()
        
    df = df['molecule'].apply(is_covalent, lib_df)
  
    return df

关键说明： #

• __file__：Python自动为脚本文件设置的变量，指向当前脚本（functions.py）的路径。
• os.path.abspath(__file__)：获取functions.py的绝对路径。
• os.path.dirname(...)：从绝对路径中提取脚本所在的目录（即project/pipeline）。
• os.path.join(...)：跨平台安全拼接路径，避免手动字符串拼接的路径格式问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Stuchfield