ggplot绘制PCA分析图时未显示全部24个样本数据点的问题

用ggplot绘制PCA分析结果时，明明数据框有24条样本观测，但图表只显示了16个点。

我的代码： #

ggplot(data) +
  aes(x=PC1, y=PC2) +
  geom_point(size=3) +
  coord_fixed() +
  theme_bw()

数据框： #

PC1    PC2
    <dbl>  <dbl>
 1 -40.8  -20.6 
 2 -40.6  -19.0 
 3 -40.8  -20.6 
 4   8.01 -38.1 
 5   8.52 -36.3 
 6   8.01 -38.1 
 7 -39.7   -6.11
 8 -38.1   -5.76
 9 -39.7   -6.11
10  18.3  -33.9 
11  17.9  -33.3 
12  18.3  -33.9 
13 -32.9   11.2 
14 -31.7    9.49
15 -32.9   11.2 
16  50.9   -4.98
17  49.4   -5.64
18  50.9   -4.98
19 -38.7   56.9 
20 -38.0   54.9 
21 -38.7   56.9 
22  74.8   36.3 
23  72.8   34.1 
24  74.8   36.3 

问题本质： #

不是样本没被绘制，而是大量样本的PC1和PC2坐标完全重复，比如第1/3行、4/6行、7/9行等，这些点在图上完全重叠，看起来只显示了16个独特坐标的点。

解决办法： #

1. 添加抖动效果：让重叠点轻微偏移，展示所有样本

ggplot(data) +
  aes(x=PC1, y=PC2) +
  geom_point(size=3, position = position_jitter(width = 0.5, height = 0.5)) +
  coord_fixed() +
  theme_bw()

2. 添加样本标签：用行号标记每个点，直观看到重叠情况

ggplot(data) +
  aes(x=PC1, y=PC2, label = rownames(data)) +
  geom_point(size=3) +
  geom_text(vjust = 1.5) +
  coord_fixed() +
  theme_bw()

3. 统计重叠数量：用点的大小表示该位置的样本数，清晰展示密度

ggplot(data) +
  aes(x=PC1, y=PC2) +
  geom_count(size=3) +
  coord_fixed() +
  theme_bw()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Maria