如何重塑R语言data.frame：新增细胞系列与各基因列且保留其余内容

直接用tidyverse里的pivot_wider()就能搞定，步骤如下：

1. 准备数据（模拟你的原数据结构） #

假设你的原数据是长格式，包含样本、类型、基因、表达量，先新增细胞系列（如果原数据已有细胞系列，这步可以跳过）：

library(tidyverse)

# 模拟原长格式数据
df <- tibble(
  Sample = rep(c("S1", "S2", "S3"), each = 2),
  Type = rep(c("Control", "Treat"), 3),
  Gene = rep(c("GeneA", "GeneB"), 3),
  Expression = c(1.2, 3.4, 2.1, 4.5, 0.9, 3.8)
)

# 新增细胞系列（这里按样本映射，你可以根据实际规则调整）
df <- df %>%
  mutate(`Cell Line` = case_when(
    Sample == "S1" ~ "CL1",
    Sample == "S2" ~ "CL2",
    Sample == "S3" ~ "CL3"
  ))

2. 执行重塑操作 #

把基因列转成单独的列，同时保留样本、类型、细胞系这些列：

df_wide <- df %>%
  pivot_wider(
    id_cols = c(Sample, Type, `Cell Line`),  # 指定要保留的非基因列
    names_from = Gene,  # 用哪个列的内容做新列名
    values_from = Expression  # 新列对应的值来源
  )

结果说明 #

执行后会得到宽格式数据：每行对应一个样本-细胞系-类型组合，每个基因单独成一列，数值为对应的表达量，完全保留了你需要的所有内容。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Diana