如何映射带多参数的绘图函数？ggplot2+purrr调用报错排查

我有一个大型数据集，想要按医院绘制分出生体重组的多张图表。已经编写了myplott函数，单独调用（如myplott(actual_data, "hospital name", "weight group")）可正常生成图表，但使用purrr::map批量处理多个医院时，出现"argument 'weightsgrp' is missing, with no default"错误。

相关代码 #

绘图函数代码 #

myplott <- function(actual_data, hospital, weightsgrp) {
  
  print(paste0("Plot for hospital: ", hospital))
  
  p <- ggplot(actual_data %>% filter(hosp_id == hospital , weight.group == weightsgrp), 
              aes(x = format(date_discharge,"%b"), y = as.numeric(mortality), 
                  group = weightsgrp)) +
    facet_wrap(~weight.group) +
    geom_bar( stat = "identity") +
    theme_bw() +
    ylab("Percentage %") +
    ggtitle(hospital) +
    
    theme(axis.text.x = element_text(size = 13, hjust = 1, angle = 45)) +
    theme(plot.title = element_text(face = "bold", hjust = 0.5, size = 20), legend.position = "top") +
    theme(legend.title = element_blank())
  
  return(p)
  
  print(p)
  
}

批量调用代码 #

plot_list <- unique(actual_data$hosp_id) %>% 
  purrr::set_names() %>% 
  purrr::map( ~ myplott(actual_data, .x))

错误信息 #

[1] "Plot for hospital: Bung Hospital"
Error in `filter()`:
! Problem while computing `..2 = weight.group == weightsgrp`.
i The error occurred in group 1: hosp_id = "Bung Hospital", weight.group = "1000 gms & Below".
Caused by error:
! argument "weightsgrp" is missing, with no default

问题原因及解决方法 #

核心问题 #

你用map批量调用时，只给myplott传了两个参数（数据集和医院名称），但函数定义需要三个参数，第三个weightsgrp完全没传，所以触发了参数缺失的错误。

两种解决思路 #

思路1：给每个医院生成包含所有体重组的分面图

如果你的需求是每个医院一张图，用分面展示所有体重组，可以修改函数去掉weightsgrp参数，让函数自动筛选当前医院的所有体重组：

myplott <- function(actual_data, hospital) {
  
  print(paste0("Plot for hospital: ", hospital))
  
  p <- ggplot(actual_data %>% filter(hosp_id == hospital), 
              aes(x = format(date_discharge,"%b"), y = as.numeric(mortality), 
                  group = weight.group)) +
    facet_wrap(~weight.group) +
    geom_bar(stat = "identity") +
    theme_bw() +
    ylab("Percentage %") +
    ggtitle(hospital) +
    
    theme(axis.text.x = element_text(size = 13, hjust = 1, angle = 45)) +
    theme(plot.title = element_text(face = "bold", hjust = 0.5, size = 20), legend.position = "top") +
    theme(legend.title = element_blank())
  
  return(p)
}

修改后原批量调用代码可以直接使用，每个医院会输出一张包含所有体重组的分面图表。

思路2：给每个医院的每个体重组单独生成图表

如果需要每个医院的每个体重组各生成一张独立图表，需要先生成医院和体重组的所有组合，再用pmap批量传递两个参数：

# 生成医院与体重组的所有组合
hosp_weight_combos <- expand.grid(
  hospital = unique(actual_data$hosp_id),
  weightsgrp = unique(actual_data$weight.group),
  stringsAsFactors = FALSE
)

# 用pmap批量调用函数，传递组合中的两个参数
plot_list <- purrr::pmap(hosp_weight_combos, ~ myplott(actual_data, ..1, ..2))

# 可选：给图表列表命名，方便区分不同医院和体重组的图表
names(plot_list) <- paste(hosp_weight_combos$hospital, hosp_weight_combos$weightsgrp, sep = "_")

额外提示 #

原函数中return(p)之后的print(p)永远不会执行，因为return会直接终止函数运行，建议删掉这行无用代码。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LivingstoneM