Nextflow部分进程用Docker，新增无容器进程报错求解

当全局开启docker.enabled = true时，Nextflow会默认强制所有进程使用容器镜像。你设置container = null的方式无效，这个配置不会覆盖全局的Docker启用规则，所以依然会触发镜像缺失的报错。

这里有两种靠谱的解决方式：

方式一：给目标进程设空容器字符串 #

在nextflow.config里给my_python_process指定空字符串作为容器值，就能跳过镜像检查：

process {
    withName:process1 {
        container = 'some/image1:1.0'
    }
    withName:process2{
        container = 'some/image2:1.0'
    }
    withName:process3{
        container = 'some/image3:1.0'
    }
    withName:my_python_process {
        container = ''
    }
}

docker {
    enabled = true
}

方式二：直接禁用该进程的Docker支持 #

在配置里给my_python_process单独关闭Docker，这样Nextflow就不会要求它用容器了：

process {
    withName:process1 {
        container = 'some/image1:1.0'
    }
    withName:process2{
        container = 'some/image2:1.0'
    }
    withName:process3{
        container = 'some/image3:1.0'
    }
    withName:my_python_process {
        docker.enabled = false
    }
}

docker {
    enabled = true
}

你也可以直接在流程脚本的进程定义里加配置，比如：

process my_python_process {
    docker.enabled = false

    script:
    """
    python my_script.py
    """
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sam