如何读取字典中H5文件列表并赋值为指定变量？

原始输入字典 #

input_dict = {'Sample': ['org_1', 'org_2', 'org_3'], 
              'Location': ['../cellbender/SAM24425933_cellbender_out_filtered.h5', 
                           '../cellbender/SAM24425932_cellbender_out_filtered.h5',
                           '../cellbender/SAM24425934_cellbender_out_filtered.h5']
                           }

需求 #

创建变量org_1、org_2、org_3，分别对应读取上述字典中Location列表里对应路径的H5文件对象。

错误代码及报错信息 #

尝试的代码：

for sample, location in input_dict.items():
    adata = sc.read_hdf(filename = location, key = sample)

报错：

TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not list

错误原因 #

input_dict.items()会遍历字典的键值对，每次迭代得到的是('Sample', ['org_1', 'org_2', 'org_3'])和('Location', [路径1, 路径2, 路径3])。也就是说，循环里的location是整个路径列表，而sc.read_hdf的filename参数需要单个字符串路径，因此触发类型错误。

正确实现方法 #

方法一：直接创建全局变量（满足需求，但不推荐大量使用） #

import scanpy as sc

input_dict = {'Sample': ['org_1', 'org_2', 'org_3'], 
              'Location': ['../cellbender/SAM24425933_cellbender_out_filtered.h5', 
                           '../cellbender/SAM24425932_cellbender_out_filtered.h5',
                           '../cellbender/SAM24425934_cellbender_out_filtered.h5']
                           }

# 将样本名与对应路径一一配对遍历
for sample_name, file_path in zip(input_dict['Sample'], input_dict['Location']):
    # 在全局命名空间创建以样本名为名的变量
    globals()[sample_name] = sc.read_hdf(filename=file_path, key='data')

注意：key参数需要根据H5文件内实际存储的键调整，比如部分文件用'X'或其他键，需自行核对。

方法二：用字典存储对象（更规范，便于管理） #

如果不需要单独的变量名，推荐用字典统一存储所有读取的对象，避免命名空间混乱：

import scanpy as sc

input_dict = {'Sample': ['org_1', 'org_2', 'org_3'], 
              'Location': ['../cellbender/SAM24425933_cellbender_out_filtered.h5', 
                           '../cellbender/SAM24425932_cellbender_out_filtered.h5',
                           '../cellbender/SAM24425934_cellbender_out_filtered.h5']
                           }

adata_collection = {}
for sample_name, file_path in zip(input_dict['Sample'], input_dict['Location']):
    adata_collection[sample_name] = sc.read_hdf(filename=file_path, key='data')

# 访问示例：adata_collection['org_1']

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Carmen Sandoval