如何移除数据框中的无限值？替换Inf为NA报错排查与解决

先看你的示例数据，运行log2(exp)后会出现-Inf（因为有0值，log2(0)的结果是负无穷）：

exp <- structure(list(TCGA.4A.A93W.01A = c(48.3424, 2.2117, 0), TCGA.A4.7734.01A = c(43.8689, 1.8499, 50.74), TCGA.A4.7997.01A = c(70.2027, 86.9447, 1.2938)), row.names = c("A1BG", "A1CF", "A2BP1"), class = "data.frame")

exp_log <- as.data.frame(log2(exp))
exp_log
#         TCGA.4A.A93W.01A TCGA.A4.7734.01A TCGA.A4.7997.01A
# A1BG            5.600380         5.451438         6.130338
# A1CF            1.144729         0.875044         6.440648
# A2BP1          -Inf         5.673150         0.373060

你原来的代码报错原因很简单：!is.finite(unlist(exp))生成的是一个长度等于数据框总元素数的逻辑向量（这里是9个元素），但你直接把它放在行索引位置exp[..., ]，R会尝试把这个向量循环匹配数据框的行数（3行），导致出现超出范围的索引请求，所以抛出non-existent rows not allowed错误。

下面给你几种可行的解决方法：

方法一：基础R矩阵索引法 #

先定位所有非有限值的位置，再用矩阵索引赋值NA：

exp_log <- as.data.frame(log2(exp))
# 找出所有非有限值的行列位置
inf_pos <- which(!is.finite(exp_log), arr.ind = TRUE)
# 替换为NA
exp_log[inf_pos] <- NA

方法二：apply逐列处理 #

对数据框每一列单独替换非有限值：

exp_log <- as.data.frame(log2(exp))
exp_log <- data.frame(lapply(exp_log, function(x) {
  x[!is.finite(x)] <- NA
  x
}))

方法三：dplyr快速处理 #

如果习惯用tidyverse工具链，用across批量处理所有列：

library(dplyr)
exp_log <- exp %>%
  mutate(across(everything(), ~log2(.x))) %>%
  mutate(across(everything(), ~replace(.x, !is.finite(.x), NA)))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者melolilili