R语言：如何保留行名匹配的数据行并实现正确列合并？

核心问题 #

1. 正则表达式错误：你用grepl('.1$', rownames(exp.normal))时，.在正则语法里是通配符，会匹配任意单个字符，导致误删类似gene1这类行名，应该用转义符匹配实际的点。
2. 筛选逻辑冗余易出错：多次交叉筛选可能因行名顺序、重复值等导致最终两个数据框行数不一致，更稳妥的方式是直接提取两者共有的行名再分别筛选。
3. 可能合并时用错对象：你最后生成了exp.norm，但如果合并时误用了未最终筛选的exp.normal（19947行），就会和exp.kirp.samp行数不匹配报错。

修正后的代码 #

# 第一步：清洗exp.normal数据
# 去掉行和为无穷的行
exp.normal <- exp.normal[!is.infinite(rowSums(exp.normal)), ]
# 去掉含NA的行
exp.normal <- na.omit(exp.normal)
# 去掉行名以".1"结尾的行（注意正则转义）
exp.normal <- exp.normal[!grepl("\\.1$", rownames(exp.normal)), ]

# 第二步：获取两个数据框共有的行名
common_rownames <- intersect(rownames(exp.normal), rownames(exp.kirp))

# 第三步：分别筛选两个数据框，保留共同行名的行
exp.normal_filtered <- exp.normal[common_rownames, ]
exp.kirp_filtered <- exp.kirp[common_rownames, ]

# 第四步：按列合并（此时行数必然一致）
merged_df <- cbind(exp.normal_filtered, exp.kirp_filtered)

关键说明 #

• 正则转义：\\.才是匹配实际的点字符，确保只删除行名确实以.1结尾的行。
• 共同行名筛选：用intersect直接提取两者都存在的行名，再以此为索引筛选两个数据框，保证行数、行名完全匹配，包括顺序。
• 验证维度：合并前可以运行dim(exp.normal_filtered)和dim(exp.kirp_filtered)确认行数一致，避免报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anon