如何将SHAP部分依赖图保存为PDF文件？

你当前代码的问题出在调用了plt.show()——这个函数会显示图形并释放当前的Figure对象，之后再调用plt.savefig()就无法正确捕获到要保存的图了。

修正后的代码如下：

import shap
import matplotlib.pyplot as plt

# 生成部分依赖图，设置show=False避免自动显示
shap.partial_dependence_plot(
    "B", model.predict, X100, ice=False, show=False,
    model_expected_value=True, feature_expected_value=True
)

# 直接保存图形，无需先调用plt.show()
plt.savefig('K.pdf', bbox_inches='tight', dpi=600)

# 如果之后需要查看图形，再调用plt.show()
plt.show()

关键注意点： #

• 必须让shap.partial_dependence_plot的show参数保持False，避免shap自动触发图形显示并释放Figure
• 先执行plt.savefig()再调用plt.show()（如果需要查看图形的话）——plt.show()会关闭当前绘图上下文，导致后续无法保存
• bbox_inches='tight'能防止图形边缘内容被截断，dpi=600可以保证PDF文件的清晰度

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user20155022