Ubuntu环境下AGOX安装求助:依赖安装及包找不到错误解决
Ubuntu下AGOX依赖安装及pip安装错误解决
一、指定版本依赖安装
1. Intel/2018.1.163 C编译器安装
- 下载对应版本的Ubuntu离线安装包(Intel官网可获取旧版本安装包)
- 解压压缩包,进入解压目录后执行安装脚本:
sudo ./install.sh - 安装向导中勾选C编译器相关组件,完成后配置环境变量,将以下内容追加到
~/.bashrc或~/.zshrc:source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/compilervars.sh intel64 - 执行
source ~/.bashrc使配置生效,验证安装:
输出需显示2018.1.163版本信息。icc --version
2. OpenMPI/4.0.3安装
- 先安装编译依赖:
sudo apt update && sudo apt install -y build-essential libibverbs-dev - 下载4.0.3版本源码包:
wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.3.tar.gz - 解压并编译安装:
tar xzf openmpi-4.0.3.tar.gz cd openmpi-4.0.3 ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-4.0.3 make -j$(nproc) sudo make install - 添加环境变量到
~/.bashrc:export PATH=/usr/local/openmpi-4.0.3/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi-4.0.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH - 生效后验证:
输出需显示OpenMPI 4.0.3版本。mpicc --version
二、pip安装AGOX找不到版本的问题解决
AGOX并未上传到PyPI,因此直接用pip install agox会找不到版本,需从GitHub源码编译安装:
- 克隆AGOX仓库:
git clone https://github.com/JBechtel/AGOX.git cd AGOX - 确保Intel编译器和OpenMPI的环境变量已生效,执行源码安装:
若需开发模式(修改代码后无需重新安装),则执行:pip install .pip install -e . - 安装完成后验证:
python -c "import agox; print(agox.__version__)"
内容的提问来源于stack exchange,提问作者sridhara
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