合并两个子目录Git仓库至父目录仓库：实操问题与疑问

项目结构如下：

.
└── maindir
    ├── subdir1
    └── subdir2

最初我在subdir1和subdir2中分别创建了Git仓库，后来项目扩大，我创建了父目录maindir并在其中新建了Git仓库，但子目录的变更未被父仓库追踪。我希望将所有仓库的提交历史合并到maindir的Git仓库中，该如何操作？

编辑1 #

我尝试了合并独立仓库的方法，执行命令后得到如下报错：

$ git pull subdir1
remote: Enumerating objects: 58, done.
remote: Counting objects: 100% (58/58), done.
remote: Compressing objects: 100% (54/54), done.
remote: Total 58 (delta 25), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (58/58), 9.96 KiB | 231.00 KiB/s, done.
From standard_deviation
 * branch            HEAD       -> FETCH_HEAD
hint: Pulling without specifying how to reconcile divergent branches is
hint: discouraged. You can squelch this message by running one of the following
hint: commands sometime before your next pull:
hint:
hint:   git config pull.rebase false  # merge (the default strategy)
hint:   git config pull.rebase true   # rebase
hint:   git config pull.ff only       # fast-forward only
hint:
hint: You can replace "git config" with "git config --global" to set a default
hint: preference for all repositories. You can also pass --rebase, --no-rebase,
hint: or --ff-only on the command line to override the configured default per
hint: invocation.
fatal: refusing to merge unrelated histories

下一步该怎么做？

编辑2 #

我尝试使用git filter-repo工具，但对部分步骤存在疑问，以下是我的操作笔记，是否正确？

cd /path/to/subdir1 # 现在处于subdir1目录
cd .. # 现在处于maindir目录
mv subdir1 maindir # 在maindir目录下，将subdir1重命名为maindir，形成嵌套结构
git filter-repo --to-subdirectory-filter subdir1/ # 使用工具
cd ../subdir2 # 此处我不理解为何要加`..`？当前应该仍在maindir目录，哪里理解错了？
git filter-repo --to-subdirectory-filter subdir2/ # 尚未执行后续步骤
cd ../maindir # 尚未执行
git remote add -f s2 ../subdir2 # 尚未执行
git merge --allow-unrelated-histories s2/main # 尚未执行
git remote remove s2 # 尚未执行

正确操作方案（基于git filter-repo） #

前置准备 #

确保已安装git filter-repo（Git 2.22及以上版本推荐使用，替代老旧的git filter-branch）

处理subdir1仓库 #

1. 进入subdir1的独立仓库：

cd /path/to/maindir/subdir1

2. 重写该仓库的所有提交历史，让所有文件的路径自动加上subdir1前缀（确保合并到父仓库后路径正确）：

git filter-repo --to-subdirectory-filter subdir1

3. 返回maindir的父仓库：

cd ../

4. 将处理后的subdir1仓库作为远程源添加，拉取并合并历史（添加--allow-unrelated-histories解决独立仓库合并的报错）：

git remote add -f s1 ./subdir1
git merge --allow-unrelated-histories s1/main
git remote remove s1

处理subdir2仓库 #

1. 进入subdir2的独立仓库：

cd ./subdir2

2. 重写提交历史，给所有文件路径加上subdir2前缀：

git filter-repo --to-subdirectory-filter subdir2

3. 返回maindir的父仓库：

cd ../

4. 拉取并合并subdir2的历史：

git remote add -f s2 ./subdir2
git merge --allow-unrelated-histories s2/main
git remote remove s2

验证结果 #

执行以下命令查看合并后的完整提交历史：

git log --oneline --graph

或者直接查看目录结构，确认subdir1和subdir2的文件都被父仓库正确追踪。

对编辑2操作的修正 #

你之前的操作存在几个关键错误：

• 不需要重命名subdir1，--to-subdirectory-filter会自动在提交历史中为所有文件添加指定的目录前缀
• 必须在子仓库内部执行git filter-repo命令，而不是在maindir中执行
• 从maindir进入subdir2直接用cd ./subdir2即可，不需要加../（../会跳到maindir的上级目录，这是你理解错误的地方）

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ecjb